乙肝大三阳病毒复制强，传染性大，患有乙肝大三阳的患者最好积极治疗，但不是任何一个时期都需要进行治疗的。乙肝大三阳患者处在免疫耐受期，说明患者体内 的病毒含量较低，机体免疫系统暂时发现不了乙肝病毒，乙肝病毒与机体免疫系统和平相处的阶段，此时乙肝大三阳患者的肝功能正常，比较稳定，大三阳患者暂时 是可以不接受治疗的。
免疫系统能识别出乙肝病毒的抗原物质和受病毒感染的肝细胞，并出现清除病毒的反应，这是机体的一种自身保护反应。其结果是大量病毒被清除，而同时受感染的肝细胞也遭到破坏，出现转氨酶升高，有时还会出现胆红素的升高(即黄疸)。
但这种清除常常是不彻底的，对于非复制状态的病毒常常不能杀死而呈潜伏状态。而当乙肝大三阳患者机体免疫力下降时，病毒又重新开始繁殖，感染新的肝细胞，并导致新一轮的免疫攻击，这个时候就要密切注意病情，如有异常，需及时治疗。
如此反复清除、破坏，再清除、再破坏的过程，就是慢性肝炎发展的过程。随着血液中病毒的清除，血清中抗-HBe出现，HBeAg消失，也就从乙肝大三阳转成了乙肝小三阳。由此可见，乙肝大三阳患者体内肝细胞不断破坏，开始出现了传染性。
乙肝大三阳患者机体的免疫系统遭到破坏时，乙肝大三阳患者就会出现全身的症状。那么能从乙肝大三阳转成乙肝小三阳，对大部分的乙肝患者(感染变异病毒者除外)来说象征着体内病毒复制的下降，病毒数量的减少，有时血液中甚至检测不到病毒。
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