哈拉巴文化存续的时间并不是很长，公元前1800年前后，曾经辉煌的哈拉巴文化突然消失了，昔日繁华的城市成为了一片废墟。在遥远的过去，哈拉巴和摩亨佐·达罗人到底遭遇到摩亨佐·达罗残留的屠杀景象什么?接下来的千年中发生了什么事?哈拉巴文化是怎样毁灭的?对于这些问题我们无法从那时期的文献中寻找确切的证据，为了回答以上问题，考古学家和历史地理学家从不同角度进行研究，提出了各种假说。其中最有代表性的说法有三种。
外族入侵说。持这一观点的先驱者是英国考古学家惠勒。他的主要论据是，在摩亨佐·达罗遗址的最上层有格斗和暴力厮杀场面的遗迹，留下了不少像是被杀戮的男女老幼的遗骨。比如在一个街区，发现的9具尸体堆在一起，像是被匆匆扔进一个坑里；而在另一所房屋，里面的尸骨显示出被武器砍伤的痕迹。惠勒认为，在距今三千多年前，这些城市遭到了外族的入侵，而入侵者就是来自西部的游牧部落雅利安人。他们打败了摩亨佐·达罗的居民，消灭了当地的文化，哈拉巴文明因此衰落。但目前还没有证据表明，是外族部落的大规模入侵毁灭了哈拉巴文明。
地质和生态变化说。这一假说认为，文明的衰落是由于地质以及生态变化等自然因素造成的，比如洪水、河流改道等等自然和生态的变化，慢慢地或倾刻间毁灭了哈拉巴文明。比较有力的论据是，在摩亨佐·达罗晚期存在着大量淤泥，在旧址上层新建的建筑杂乱无章，显然是人们试图在洪灾过后，重拾城市的繁华，但巨大的损失，又使他们无力做到这一切，只能建一些简单的房屋，容纳那些不幸的无家可归的人。无疑，洪水泛滥和河流的改道同时威胁着生存，许多人只好远离家园，寻找新的生存地。久而久之，城市便逐渐成为荒芜之地。但将一个盛极一时的哈拉巴文明的毁灭归因于地质以及生态变化，证据还嫌不足，这个假设还不足以定论。
大爆炸说。这一假说大胆而又新奇，由英国学者捷文鲍尔特和意大利学者钦吉提出。他们推测在公元前1800年左右，一艘外星人乘坐的核动力飞船不慎在印度河流域上空爆炸，以致给地面的居民造成了毁灭性的灾难。他们的论据是文献的记载和考古发现的佐证。在史诗《摩诃婆罗多》中，确实有类似爆炸这样的记载：空中响起了几声震耳欲聋的轰鸣，接着是一道耀眼的闪电。南边天空一道火柱冲天而起，比太阳更耀眼的火把天空割成两半。空气在剧烈燃烧，高温使池塘里的水沸腾起来，煮熟的鱼虾从河底翻了起来。地面上的一切东西，房子、街道、水渠和所有的生命都被这突如其来的天火烧毁了。四周是死一样的寂静……
以上几种假设都没有得到学术界的普遍认可，关于哈拉巴文化衰亡的原因还有待于进一步的研究和考证。
虽然印度河流域文明衰落了，但对后来印度文化发展却有很大影响。它的许多成就通过后来文化的继承而流传下来。如哈拉巴文化的农业传统对雅利安从游牧转向农业定居生活起了促进作用。雅利安的早期陶器、度量衡制度等都与哈拉巴文化的类似。印度河文明的居民对手饰等装饰品的喜爱，影响到后来印度人的社会生活。印度河文明的宗教的某些因素，如女神崇拜、类似湿婆神的崇拜、生殖器崇拜等都被婆罗门教吸收。所以，我们可以看到印度河流域文明没有因这个哈拉巴文化的毁灭而泯灭，相反，它还是印度文明史的起点，其流传下来的因素，构成了后来的印度文化的渊源之一，它还是整个古印度文明家庭中不可或缺的一分子。发展进程及王朝更迭吠陀时期