冯从吾居家从事学术著述的同时，也十分热衷于讲学。为了宣传他的学术观点和政治主张，借用西安城南门里的宝庆寺（今西安书院门小学）作为讲学场所。 冯从吾的追随者很多，不久，听众竟达几千人，连明王朝的陕西地方官也来听讲。时人评其曰：出则真御史，直声震天下；退则名大儒，书怀一瓣香。
宝庆寺地窄房小，难以做讲学施教长久之地。万历三十七年（1609），陕西布政使汪可受、按察使李天麟等遵从冯从吾的意愿，在宝庆寺东侧小悉（西）园拨地，筹建关中书院。
关中书院初期占地数十亩，核心建筑为“允执堂”，进出六间，空间宏阔；青瓦红柱，肃穆庄严，是讲学集会之所，其名取自《中庸》“允执厥中”之句。绕堂左右各筑大屋（教室）四楹，东西号房（宿舍）各六楹。堂前辟有半亩方塘，竖亭其中，砌石为桥；堂后置一假山，名曰“小华岳”。又栽槐、松、柏、梅各种名木，一时松风朗月，槐香荷语，“焕然成一大观”。三年后，新任布政使汪道亨于书院后部又建“斯道中天阁”，以祀孔子，收藏儒家经典。后世经不断修葺扩建，到晚清已具相当规模，成为西北地区最大的一座高等级学府。
关学自张载于北宋初始创，后因朱子学兴起，迄南宋及金元日趋消沉，然至明代，因有吕泾野（木冉）诸君重振之功，关学遂有勃兴，至晚明由冯从吾而总其成，从吾遂为泾野之后关中之第一人。李二曲说：“关学一派，张子开先，泾野接武，至先生（少墟）而集其成，宗风赖以大振。”（《答董郡伯》，载《二曲集》卷17，中华书局1996年版）故研究明代关学，冯从吾之思想是不能绕过的。然“以礼教为本”和崇尚气学的张载关学，其学脉在张载卒后则几经变化，先有诸吕卒业于二程门下，后“关中人士”亦“多及程子之门”；继有朱子学之北传，北方有许鲁斋衍朱子之绪，关中学人如高陵诸儒“与相唱和，皆朱子学也”；至明代，阳明学崛起东南，渭南南元善传其说，此为关中有王学之始。经数十年之传播，“王学特盛”，如吕泾野从学于湛甘泉，切琢于王门弟子邹东廓（守益），足见关中士人多向心学。从吾受学于许孚远（敬艹奄），受其影响既主“格物”，又信“良知”，遂能“统程、朱、陆、王而一之”（以上见《柏景伟小识》，载《关学续编》），走出自己的学术之路。黄宗羲将冯列于“甘泉学案”，但其由张载所开躬行实践、崇尚气节的关学宗风则在从吾身上有着深刻的印迹。从吾所面对的是晚明王学空疏学风日渐泛滥的学术局面，遂能以救时弊为己任，且形成自己独立的学术风格，并开明末西部学术向实学转向之先。
一、“敦本尚实”，斥浮虚以倡实学
明代中叶，心学极盛。然言心学者，浙东一系，以王龙溪为代表，倡先天正心说，力阐良知现成，因其重本体而略工夫，遂渐蹈于“猖狂无忌惮”之浮虚一偏；江右一系，以邹守益、罗洪先等为代表，纠正龙溪之偏，主体用不二，遂以归寂主静之修养功夫补其说。至晚明，王学末流直向猖狂无忌惮一路发展，使朱子格物穷理之学日渐遮蔽。于是有顾宪成、高攀龙等东林一系，反对阳明后学只在先天良知上用力，背离王门笃实功夫的倾向，于是起而调合朱、王，兼重先天良知与后天功夫，以正明末学术之失。冯从吾与东林学派处同一时代、同一学术背景，有着共通的问题意识，于是，他以弘扬“圣学”为己任，自觉地担当起挽救学术之偏的时代责任，成为晚明中国西部“痛惩末世废修言悟，课虚妨实之病”（姜仲文《少虚集序》）的代表。《行实》称其学“一禀孔孟心性为本体，以诚敬为功夫，以万物一体为度量，以从心所欲不逾矩为极则”，此一评论可大略标示出冯氏合程朱陆王为一的学术方向和反对“废修言悟，课虚妨实”的实学旨趣。从吾为关中书院所书“允执堂屏”谓：
“纲常伦理要尽道，天地万物要一体，仕止久速要当可，喜怒哀乐要中节，辞受取与要不苟，视听言动要合礼。存此谓之道心，悖此谓之人心。惟精，精此者也；惟一，一此者也。此之谓允执厥中，此之谓尽性至命之实学。”（《行实》）
此段文字所贯穿的对本体与功夫、修与悟、价值与境界、道体与礼法之体用一如、相融不二关系的理解以及“尽性至命”的道德取向，是把握其哲学思想和实学学风之关键。从中可看出他以朱子格物致知之工夫弥补王学末流忽略工夫而纯任本体的致思方向。
从吾如东林学者一样，痛切地指出王学末流堕于猖狂无忌惮之偏，同时也指出其弱于本体而泛论工夫之失，他说：
“近世学者，多驰骛于虚见，而概以规矩准绳为循迹，其弊使人猖狂，自恣流于小人而无忌惮，此关系人心世道……”（卷15，《答逯确斋给事》）
“世之学者，止知本体之一物不容，而不知本体之万物皆备，此所以各堕于虚无之说，而无实地之可据，令人猖狂而自恣也。”（卷12，《关中书院语录》）
“近世学者，病支离者什一，病猖狂者什九”（卷15，《答杨原忠运长》）
从吾认为，当时学者或只重工夫不论本体，而陷于支离；或悬空谈本体不著修养工夫，遂陷于“猖狂”，其源盖“起于本体工夫，辨之不甚清楚”，他强调本体要与工夫合，本体即工夫，工夫即本体，相反，“若论工夫而不合本体，则泛然用功，必失之支离缠绕；论本体而不论工夫，则悬空谈体，必失之捷径猖狂。”（《论学书》，见《明儒学案・甘泉学案》）此说拈出阳明后学纯任本体而忽略工夫之空疏病根，遂将朱子学的“格物穷理”与阳明的“致良知”结合起来，认为“吾儒之学，以至善为本体，以知止为工夫，……必格物而后能知止也。”如果弃格物于不顾，而“别求知止之方，此异端悬空顿悟之学，非吾儒之旨也”（同上）。以朱子“格物”以矫正阳明后学之先天良知说，是晚明学风由虚而返实之动向在从吾身上之体现。高攀龙评价说：“修而不悟者，徇末而迷本；悟而不彻者，认物以为则。故善言工夫者，惟恐言本体者之妨其修；善言本体者，惟恐言工夫者之妨其悟，不知欲修者正须求本体，欲悟者正须求之工夫。无本体无工夫，无工夫无本体也。仲好之《集》，至明至备，至正至中”，此正是从吾“《集》中示人最切者”。（《冯少墟集序》）
当时学风浮虚的又一表现，是不事讲学，或虽讲学却是“讲非学之言”。所谓“非学之言”，即或“谈玄说空”之言，或不能“收心静养”，未能绝“一切声色货利”之言，或“看书作文时务”，不能在“潜心体验”处“发挥道理”之言，或不能绝“奔竞营为之念”，只驰逐功利，而未守“恬澹”之言，或似是而非之言等等，其核心是“非吾儒进德修业之学”（见卷11，《池阳语录》）之言。“非学之言”正是从吾对当时讲学风气的概括。从吾将矫正此一学术风气视为自己的学术责任，他说：“战国时，杨墨之言盈天下，得孟子辞而辟之；从汉至宋，佛老之言盈天下，得程朱辞而辟之；至于今日，非学之言盈天下，倘有辞而辟之如孟子、程朱其人乎？余窃愿为之执鞭。”（卷7，《宝庆语录》）并发出“吾儒之道，何时而明，天下之弊，何时而已”的慨叹！（卷3，《疑思录》）为了不至于“以学术杀天下后世”，从吾认为还应从讲学开始。他曾引吕泾野所说“学不讲不明”，以及邹东廓所谓“学之不讲，圣门所忧”的话来强调讲学的重要性，并指出讲学应“以修德为下手处”（卷6，《学会约》），“格物即是讲学，不可谈玄说空。”（《明儒学案・甘泉学案》之《疑思录》）当时有些学者常讲玄虚，而不尚躬行，有人怀疑讲学能否医治此病，从吾说，“药玄虚之病者，在躬行二字，既学者多讲玄虚，正当讲躬行以药之可也。而反云学不必讲，何哉？”并指出此说是在“左袒玄虚之说而阻人之辨者也。”（卷7，《宝庆语录》）
为了端正学术风气，从吾先从正乡学开始。丙申岁（万历二十四年）秋，从吾与诸君子立会讲学于长安宝庆寺，制订了后来在关中影响深远的《学会约》。翌年十二月(1597)，从吾又主持制订了《关中士夫会约》。值得注意的是，在《学会约》中不仅明确规定了“其言当以纲常伦理为主”的讲学内容，并特别提出了树立“崇真尚简为主，务戒空谭，敦实行”的实学学风的问题。所谓“空谭”，在从吾看来，“谈空论无”者为空谭，虽言但“不躬行”者亦为空谭；好议他人而自己不实行者为空谭，“好对人夸自家”但自己又“不躬行者”亦为空谭。“敦实行”，方可“戒空谭”。所以从吾讲学，总是“以躬行相劝勉”，并发出“呜呼！为学不在多言，顾力行耳”的呼唤。（卷5，《学会约・附答问二则》）从吾强调：“学者须要脚根踏得定，彻头彻尾，才得有成。”（卷11，《池阳语录》）戒虚华，不浮躁，戒空谭，敦实行，是从吾《学会约》中最切实处，他自己亦能以身作则。故王心敬说：“其于一切翰苑浮华徵逐，概谢绝不为。”（《关学续编・少墟先生》）
当时一些学者流于“空谭”而不“实行”，还有一个原因，这就是学问常常不得要领，不能抓住根本，陷于支离。从吾认为这亦与不能“敦本”的学风有关。他认为“本体源头处一不清楚，此所以后来流弊无穷”（卷11，《池阳语录》），所以关键是要追“圣学之本”，探“圣学之源”。他强调“学问之道，全要在本原处透彻，未发处得力。则发皆中节，取之左右，自逢其原，诸凡事为，自是停当；不然，纵事事点检，终有不凑泊处，此吾儒提纲挈领之学”（《明儒学案・甘泉学案五》)。从吾认为此“本”不是别的，应该是理学。时关中有所谓“四绝”的说法，即王端毅之“事功”，杨斛山之“节义”，吕泾野之“理学”，李空同之“文章”。从吾惟认为“理学”为根本，说“夫事功、节义、理学、文章，虽君子所并重，然三者皆其作用，理学则其根本也。根本处得力，其作用自别。”（卷16，《渭滨别言赠毕东郊侍郎》）然理学之“本”又是什么？按从吾的理解，就是“以心性为本体，以学问为功夫”。所以他总是抓住孟子的“善”、《中庸》的“诚”“未发”、程朱的“理”、阳明的“良知”等核心概念，力加琢磨。在从吾看来，“圣贤学问总在心上用功，不然即终日孳孳，属枝叶耳。”（李维贞《辨学录序》）如孟子所说“先立乎其大者”，即应先在本体上用功，不在末事上务求。他说“若丢过此心，不去‘精一’，而徒欲喜怒哀乐中节，视听言动合礼，此真舍本而务末。”（卷12，《关中书院语录》）不可避免要陷入佛老异端“悬空之学”。总之，“敦本”才不至于“务末”，从而方见提纲挈领之功；“尚实”才不至于“悬空”，从而与佛老之玄虚立异，使“吾儒修德之学”见诸实效。可见，从吾虽服膺心学，但与王学末流大为不同。后者“逐末而迷本”，从吾则主体用一如，本末不二。
二、学“有主”、贵“自得”，方能“深造以道”
从吾曾做过侍御史，后辞官在家，闭关九年，足不出户，精思力践。讲学二十余年，终有所悟。他认为“近世学者”所以混佛老与儒于一涂，因“多驰骛于虚见”，陷于“空虚”，坠于“猖狂”，或“逐末而迷本”，陷于“支离”，或以“似是而非”之论乱人之心，或人云亦云等等，其源盖起于本原处不明。而本原不明，又与学无自主、不贵“自得”、不勇于“造道”的虚浮风气有关。反对“空虚”和“支离”，强调“自得”、“造道”，是从吾最用力处。
首先，从吾强调学贵“有主”。他说：“学问功夫全要晓得头脑主意”（卷12，《关中书院语录》）。所谓有“主意”，一是要有“主见”，即在对学术对象全面深入了解并融会贯通基础上，一旦形成某种自认为正确的理解或认识，就要坚持主见，一般不为外在的因素所左右。正如洪翼圣评价从吾《善利图》时说：“学问最患不痛不痒，两头牵制”，而从吾“学问则一切两断，切骨入髓”（卷8，《善利图说序》之《附柬》）；二是要知“本”，“本”不明而徒用功夫，则终无所成，从吾说“学问晓得主意，才好用功夫。……不晓得主意，则功夫亦徒用矣。此空虚之学与支离之学，皆圣道不载也。”（卷12，《关中书院语录》）学“有主”，方可杜心学末流之“空疏”，绝徒用功夫之“支离”；三是学问要明确“宗旨”，抓住核心，如从吾多次告诫诸生，应明吾儒之学“宗旨”，以“心性为本”，而心性之学，又以“诚敬”为本，而最终则归于性体之“至善”。故毕懋康说：“窃观先生学贵有主，不贰以二，不参以三，用贵实践，掺贵敕，不为虚，恢偷纵者所借，托夫有主，则历千变而不惑，实践则究必到而不可欺。”（《冯少墟集序》）相对于张载“学凡数变”、阳明“悔二十年错用其心”来说，从吾确有过人之处。杨鹤在《辨学录序》中说：“先生清明在躬，志气如神，然终日正襟危坐，俨乎若思，应事接物，如执玉如捧盈，此心未尝一刻放下，先生有主之学于是可见。昔横渠学凡数变，阳明亦悔二十年错用其心，先生过人远矣。”
其次，学“有主”，是建立在“自得”和“深于造道”基础上的。强调学“有主”不是要固执己见，而是通过“自得”而“造道”。其实张载学凡数变，阳明悔“二十年错用其心”，也是学术“有主”的另一种表现，若“无主”，则只能人云亦云矣，无所谓修正和悔悟自己。问题在于，从吾始终将“有主”作为自己学术的自觉意识。“自得”是从吾在对孟子思想发挥的基础上，针对当时学风之弊而提出来的。孟子说：“君子深造之以道，欲其自得之也。”（《孟子・离娄下》）此“自得”，是指经过自己深入学习理解所得的独到体悟。从吾认为，如果“厌深造以道、博学详说之功”，是决不能有所“自得”的。“造道”是学术的灵魂，“自得”是学术的境界，“学不到自得，终是支离，终不能取之左右逢其原。”（卷12，《关中书院语录》）关于“自得”、“有主”与“造道”的关系，从吾说：“学问功夫全要晓得头脑主意，深造以道，主意全为自得。博学详说，主意全为反约。博学详说，正是解深造以道，反约正是解自得，以自得为主意，以深造以道为功夫，以左右逢源为自得之妙，此孟子生平学问大得力处。”（卷12，《关中书院语录》）即“深造以道”要在“博学详说”基础上“反约”，而“反约”才会有“自得”，“自得”方可有“主意”，故曰“主意全在自得”。亦即有“自得”之处，方达“造道”之时。从吾所以能自成一家，在于他能处理好博与约的关系，所以才能在许多问题上有“自得”之处。他对一些人不能“详博”而动辄要“自成一家”的浮躁风气提出了批评，并说“论学譬如为文，必融会贯通乎百家，然后能自成一家。若只守定一家，恐孤陋不能成家矣。”（卷七，《宝庆语录》）然博学还须反约。从吾对历史上儒学家思想的理解，皆能由博而约，抓住要领，如他认为孔门标一“仁”字，孟子标以“仁义”，曾子标以“慎独”，子思标以“未发”，宋代诸儒标“天理”二字，朱熹标“主敬穷理”，阳明标“致良知”等等，但从道体来说，这些都是相通的：“论道体，则千古之门户无二论”（参见卷7，《宝庆语录》），直将儒家一以贯之的道体一语道破，没有博学反约之功是难以达到的。因其由“自得”而学“有主”，故其讲学“不立异，亦不蹈常，不事玄虚，亦不涉卑近，要以抒所自得，敷明宗旨，说详反约”（卷8，《善利图说》）。例如，他推崇阳明“致良知”说，乃出于“自得”，他又批评阳明“无善无恶性之体”，也是出于“自得”。他指出，“致良知”一说肯定了本体之“至善”，而“无善无恶”之说则从本体上否定“善”，二者相矛盾。“既知知恶是良知，可见有善无恶是心之体。今曰‘无善无恶心之体’，亦可曰‘无良无不良，心之体’邪？”（卷16，《杂著・别李子高言》）
辨“无善无恶”心体之非，是当时学界的热门话题，东林顾宪成、高攀龙曾拒之不遗余力。从吾所辨，抓其性体“至善”这一核心立论，决非人云亦云。他在时儒热烈讨论的“先天”与“后天”、“未发”与“已发”以及孔门“从心所欲不逾矩”等诸多理论问题上，皆有自得之处，特别是其所著《善利图说》，以善、利分殊圣凡，乃发前人所未发。盖因其学有自得，其讲学多“率出己意”，故颇为诸生推崇，认为是横渠、泾野诸夫子之后“一人而已”（崔凤翥《恭定冯少墟先生传》）。
三、崇正辟邪，力变风气
对于学问，不为异端邪说所迫挟，敢于坚持正义正见，是每一位学者应有的学术良心；面对不良的学风、士风、乡风，敢于抵御与抗争，是每一位学者应有的道德责任。可以说，在这方面从吾勘为晚明关中之楷模，极有功于“圣学”。故《行实》谓：“崇正辟邪，秦风丕变，海内道学一振”。
“崇正辟邪”是从吾在道德责任心趋使下认定的学术态度。他在为自己所作的《自赞》中，明确表白“佛老是距，邹鲁吾师。”可见，其所崇之“正”，其核心是“以心性为本体，以诚敬为功夫”的“孔曾思孟、周程张朱”之儒学。所辟之“邪”，有“二氏”异端之说，有时儒“沦于空谈说寂”之“流弊”，有学界不端之风气等，“其于岩端是非之界，则辨之不遗余力。”（王心敬：《关学续编・少墟冯先生》）然此并非从吾“好辨”，实出于“不得已”。在当时“淫辞邪说，荧惑天下”的情况下，从吾“欲正人心”，必须“就其蔽锢关切之所在而剖决挽回之”（李维贞《辨学录序》）。其所著《辨学录》，所辨多为儒学与释道之异，其目的在于明“吾儒之正传”，故能对“凡世儒所易惑处，辄为道破”，更不至于使“佛氏之流弊”以“塞其源”（涂宗睿《辨学录序》）。值得注意的是，“力辟二氏”虽然是自张载以来宋代关学乃至理学学者的共同所向，然张载所破斥者乃佛氏“以心法起灭天地”、“以山河大地为见病”之“虚无”说，以确立“太虚即气”的宇宙本体论。从吾所距斥者，则是佛氏的心性论。他认为，当时人心种种之迷惑，“皆起于学之不明，学之不明，起于心性之不明”。王阳明认为儒与“二氏”并无“二见”，“二氏之用皆我之用”，“圣人与天地民物同体，儒佛老庄皆吾之用。”（《年谱》，载《王阳明全集》，上海古籍出版社1992年版，第1289页）遂在心性问题上，认为禅之“明心见性”与儒之“尽性至命”相通。其后学如王龙溪则径任先天本体，而略于后天省察克己之功，使王学日渐流于空疏，这也许是从吾于晚明力辨佛儒的重要原因之一。他多处提到阳明谓“释氏与吾儒只是毫厘之隔”，他则独辨其宗旨决然不同，如说“吾儒之学以理为宗，佛氏之学，以了生死为宗”；儒之“尽心知性”与释氏“明心见性”，二者“若相同而实相远”（杨鹤《辨学录序》），释氏之蔽正在于未明“善”之本源为“理”；“吾儒”所谓“直指人心”，是指的“惟微”之“道心”，佛所谓“直指人心”指的是“惟危”的“人心”；“吾儒”所谓“见性”，是见本体之“善”性，佛氏所谓“见性”，见的是“气质之性”。此说虽不一定正确，但其目的是明确的，即要通过辨佛、儒之异，来探寻王学末流空疏学风之思想根源。他多次论本体与功夫相即不离，批评时儒“空虚之学”，显然有学风上的针对性。
“崇俭德以敦素风”，也是从吾所致力的重要方面，故他尝把讲学与端正士风民俗联系起来，多为秦地士风之日下而慨叹。其与学风相关的乡风之最典型者，如相互“争讥”、“诋毁”，不能“成人之美”；“怕人责备”，是非不分，不能坚持正义；喜议论他人之非；讨论学术，或自以为是，或自足自满，或不能“虚己下人”，“过于激辨”等等。对于秦人不能成人之美之俗，从吾深有感触，他说：“世间最有功德事，莫大于成人之美。南人每见人行一好事，大家必称赞之，羽翼之务底于成。秦俗则争讥笑之诋毁之务，底于败，如此则师复受其益，而弟子多受其损。”师弟之间，要相互尊重，成人之美，而不要相互诋毁，否则只能两败俱伤。从吾还举一例来说明：“王阳明、吕泾野皆我明之真儒也。阳明门人几半海内，而泾野则否。虽于二公无损，却于关辅无光。”（《续集》卷二，《正俗俗言》）冯公深为秦地此种士风之弊所患，遂在《关中士夫会约》中规定，“彼此争构，吾辈所无傥。万一有之，大家务要尽心劝和，勿令因小忿以伤大体。”并希望大家“出入相友，守望相助，疾病相扶”，以形成良好的士风乡俗。从吾特别厌恶士人中的乡愿之气，如对于“敬”、“肆”之是非不敢坚持，就是一例：“秦俗明知敬之是，而百方嫉忌之，百方吹求之，使敬者必至于无所容。明知肆之非，而百方狎溺之，百方左袒之，使肆者益，至于无忌惮……”（卷2，《正俗俗言》）不敢坚持真理和正义，是非不分，造成的结果只能是敬者“无所容”，肆者“无忌惮”，风气每况愈下，此风“秦俗尤甚”。在对待学界友人的过失上，从吾又能采取宽容的态度，他说“人非圣贤，孰能无过”，如对待君子、小人的态度和方法，主张要因不同情况而异：“论交与，当亲君子而远小人；论度量，当敬君子而容小人；论学术，当法君子而化小人。”（卷11，《池阳语录》）他最反对不负责任的背后议论：“余每见朋友中背后多议人过失，当面反不肯尽言”，他认为“此非独朋友之过，或亦彼此，未尝开心见诚”。于是他在《学会约》中，以“过失相规”四字相约。对于论辩，从吾强调“务要平心易气，虚己下人。即有不合，亦当再加详玩，不可自以为是，过于激辨。”而“以自是为自信，主意一定，无复商量”，此“近世学者多坐此病”，从吾告诫“吾辈当共戒之”。（《学会约》）正如陈继儒所说：“凡向来讲学之流弊，士大夫积习之膏盲，悉从公道眼觑破，亲手拈出病根，已净然后与之梁肉。”（《冯少墟先生集叙》）
此外，提倡“崇真尚简”也是从吾力变风气的一个重要方面。《学会约》规定“会中一切交际，俱当谢绝，此正崇真尚简处”，即要求学者正常的交往应该是纯真的、朴实的而非饰伪造作的，此即“崇真”；杜绝种种奢靡之举和交往中的种种繁冗礼俗，此即“尚简”。所订《关中士夫会约》中所列诸条，多是对交往之礼节加以限定或重审，其中大都朴实无华，切实可行。其字里行间流露着从吾对那种非出于自然真情的饰伪、矫柔造作之风的切肤之痛。该《约》后来“传之四海，慕为盛举”，故此《约》出十余年后，周司农在《关中会约述》一文中评论说，此约“皆萃涣之良箴，而协德之宝训也。盖崇俭德以敦素风，酌往来以通交际，严称谓以尊古谊，绝告讦以警薄俗，周穷约以厚廉靖，教后裔以慰先德。敦本尚实之念，维风善俗之规，溢于言表。”“崇俭敦素”、“敦本尚实”、“维风善俗”，为从吾针对晚明虚浮风气所提出的补偏救弊之方，也是其所倡实学学风的重要体现。
四、践履严明，不易节操
躬行实践，崇尚气节，是关学的宗风。刘学智：《躬行礼教，崇尚气节 ――从关中三李谈起》 ，载《陕西师大继续教育学报》2001年第1期。冯从吾承继张载关学躬行实践、经世致用之传统，“以出处辞受一介不易为风节”。从吾尝谓“为学不在多言，顾力行如何耳”（《学会约・附答问二则》），如果“能言而行不逮，此正学之所禁也。”（卷十四，《讲学说》）其所说“躬行”，既指对国计民生要关切，又指道德践履要笃实，同时包括做人要有不易之节操，从中可看出从吾的精神气质和人格境界。
从吾“生平所学，惟毋自欺，实践妙悟，卓有深识。诚不忍人心世道之江河，慨然以兴起挽回为己任。”（《行实》）他曾借批评杨朱“无君”、“为我”，说：“丢过亲与民物而只为我，视天下国家大事与我不相干，成何世界？故曰‘无君’。”（《善利图说》）从吾亦以自己的行动实践了这一宗旨。明神宗时，朝讲浸废，“酒后数毙左右给侍”，从吾乃斋心草疏以谏，其中有“困曲蘖而欢饮长夜，娱窈窕而宴眠终日”等语，神宗震怒，传旨廷杖。恰逢长秋节，为辅臣救免。此事使从吾声震天下。（参见《关学续编》卷1，《少墟冯先生》）从吾目睹熹宗即位后之时局：“内则旱荒盗贼，连绵纠结”，士大人却“日惟植利结党为汲汲”；“外则辽左危急，祸且剥床及肤”，将帅则或弃城而遁，或“各自结党，互相排陷，不知和衷共济之道”。于是毅然“挺身而出，冀以直道大义挽回其间”。凡遇可说话的机会，他都能“明目张胆，纠弹不避，以一身彰宇宙之公道”（同上），为了国家，不顾个人安危，真是光明磊落，大义凛然！在当时情况下，虽然他的呼唤是微弱的，但从吾仍在做不懈地努力，如曾与邹南皋、钟龙源等讲学城隍庙，“欲借此联络正人同志济国也。”（同上）当有人怀疑其讲学能否济国之时，从吾怆然说：“正以国家多事，士大夫不知死，抱头鼠窜者踵相接。宜唤起亲上死长之心，讲学何可置也。”（《行实》）故邹南皋谓“冯子以学行其道者也。”（同上书）从从吾身上，我们不难看出一脉相承之关学躬行实践、经世致用的实学传统和学风，亦可窥见从吾坚持正义、刚直不阿之节操。正如从吾自己所说：“学者须是有一介不苟的节操，才得有万仞壁立的气象。”（卷三，《疑思录》）陈继儒评价说：从吾“终日讲学，而若未尝讲学；终日聚徒，而若未尝聚徒。不分门别户，不插标树羽，不走时局，不握朝权，不招射的，逍遥环墙之中，超然免于言论之外，非践履严明，涵养精洁，何以有此！”（首卷，《冯少墟先生集叙》）确实，没有严明的道德节操，没有“精洁”的涵养功夫，是诚难达此学术境界的。总之，从冯从吾的学术之路，可以窥见晚明关学的实学特征以及中国学术向实学转化的动向。