数理基科班是在清华新生入学之后开始组建的，所有清华大一新生都可以报名考试。考试没有笔试，是递交申请材料后经选拔参加面试，面试通过后即可进入基科班学习。
从08级开始，基科班的课程难度大大增加，尤其是物理。应该是从大三开始，进行具体的学科分流。以下是相关资料:
数理基础科学班在前两年统一培养的基础上，还将进一步强化对学生的数学和物理教学，数学和物理方面都还有若干门必修的数理主干课程和一些选修的提高课程，这些课程仍将聘请校内外优秀教师授课。
从三年级开始，将为数理基础科学班学生开设连续三学期的科研实践(seminar)课(定为必修课)，从校内有关院系以及校外有关研究所和其他大学，聘请富有研究经­验的教授、院士担任导师，提出研究题目。学生根据自己的兴趣和意愿，选择导师和研究题目，导师也可选择学生。学生在做seminar的同时，根据导师的建议，可选修4-6门所在院系的专业课程，作为所选专业的入门课程，并记入毕业总学分中。在三年级结束后的暑期小学期还将进行全班的seminar交流，每个同学结合自己的科研实践，介绍所在学科的前沿，称作为“交叉学科前沿专题”课。从1998年基础科学班建立以来，对每届学生进行的调查表明，学生对seminar课普遍反映很好，认为收获很大或较大的学生达90%以上。
选择数理基础科学班的学生，可根据自己的学科兴趣和意愿选择在本校或到校外有关高校和研究所做毕业论文或毕业设计。虽然有些方向不是学生主修课程的方向，但几年的实践表明，基础科学班的学生由于数理基础扎实，对毕业论文所选择的不同学科大多入门较快，毕业论文做得较好，优秀比例大大高于全校平均水平。
基础科学班的学生按数理基础科学班的培养方案进行毕业资格审查，审查合格者可获理学学士学位和数理基础科学专业的毕业证书。
基础科学班学生通过seminar的训练，对有关学科有了较好的了解，在此基础上，可根据自己的兴趣、爱好和志向选择出国或在国内不同的学科方向攻读研究生，以利于进一步的深造。在国内除了可以选择本院继续深造外，还可选择到本校其他院系和自己感兴趣的学科领域攻读研究生，以自己良好的数学、物理学科素养，发挥应有的作用;部分学生可以推荐到中国科学院的相关研究所或国内著名大学攻读研究生。
基础科学班在培养拔尖人才方面的成功，使其在国内外的影响逐年增大。近年来，基科班毕业的学生也受到国外一流大学的关注。对于那些希望出国继续深造的学生，基础科学班也是一个很好的选择。