1.复旦大学地理位置优越2 复旦大学在大幅度提高研究生待遇,硕士一般800/月,博士1000-1500/月3.实力上两校差不多,科大偏理论4.复旦就业好,科大的出国多---------具体你看情况选择吧凝聚态物理方向,全国南京大学最强.和南大抓住凝聚态物理一样，复旦大学物理系抓住物理学的第二大应用领域光学，从而也奠定了其国内一流物理系的地位。复旦物理有理论物理，凝聚态物理，光学三个国家重点学科，其中光学领域是全国高校中最强的。大上海难以抗拒的物质诱惑对于基础科学研究或许是地狱，对于应用科学研究绝对是天堂，这种发展物理应用领域的先天优势是 其他城市的高校所望尘莫及的。 提到复旦物理，不能不提到杨福家院士。他不仅是国内最知名的物理学家之一，而且由于担任过复旦校长和英国诺丁翰大许校长职务，他对中国教育体制的弊端有着最清醒的认识，批评常常一针见血，入木三分.中国科学技术大学物理专业，光听名字就能大致明白他在物理学界的地位了。由于是中科院建设的学校，在院系设置上一直奉行“全院办校，所系结合”的方针，中科大是在全国唯一有两个物理系的高校。物理系以研究凝聚态物理和光学两个大的应用方向为主，其对应的自然是中科院物理所。它的近代物理系以研究理论物理，粒子物理及核物理，原子分子物理，等离子物理等理论及实验方向为主，对应过去中科院的近代物理所（现分裂为北京高能所，兰州近物所和原子能研究院）。科大物理有五个国家重点学科，分别是理论物理，粒子物理及核物理，凝聚态物理，光学，等离子物理，比北大和南大还要多出一个，它的近代物理领域一直是全国高校中最强的。

上海，中科大现在是省属了，科研实力上比以前是大大削弱了高端科技的企业很明显上海多，相信你读书不是只为了读书吧？呵呵