我觉得选择应用数学或者基础数学关系不大，更重要的是看你学些什么课，因为数学系的课与物理相关的不多，如果非得选，还是应该选择基础数学，因为理论物理的研究也需要非常扎实的数学理论功底。如果想学理论物理的话，当初为什么不去物理系呢？毕竟在物理系才能学到更多与物理相关的课程，数学系虽然要学相关的课程，但内容远远达不到做理论物理要求的高度。

数学系的学生一般只会基础物理，也就是力热光电的基础理论与方法，而在物理系，这些都是要分开单独学的，所以学习广度和深度都没法比。如果想做理论物理的研究，四大力学也是必须要学的。理论物理四大力学由传统的理论力学、电动力学、量子力学和热力学与统计物理组成，它是本科生在普通物理的基础上，为了进一步把感性认识提高到理性认识而必须学习的基础理论课程,类似于数学分析和高等代数基础上的实变函数、复变函数、抽象代数等课程。而在数学系，最多能上个理论物理。

当然在数学系，也是有人研究物理的，不过研究的与物理相关的数学理论，这就是数学物理，本科阶段的话最多就学个偏微分方程什么的。但待在数学系的好处就是能学到更多相关更扎实的数学知识，像黎曼几何这种在物理中应用很广泛的学科。个人建议，如果真的想学理论物理，可以多去选一些物理系的课，像四大力学这种一定是要学的，情况允许的话，最好转到物理系去，毕竟待在数学和物理还是不同的学科。

不少人认为数学与物理的联系很密切，其实不然，充其量约30%，这是杨振在50多岁时在清华演讲时说的，并且他还说这个结论得到了不少理论物理学家的赞同。但是，用上的那些究竟可能是哪些数学知识，成功的物理学家给不岀清单，也有的说，其实数学给他们的帮助主要是归纳与表达，也有的说是数学思维在起作用……。所以，no先生，你说学理论物理是应该学应用数学还是基础数学这个问题，我上述说法似乎没有回答你的问题，但似乎又部分回答了，即：重心不应在数学上并且不在内容上，而是思维及方法。