卢梭教育思想的核心是自然教育理论，自然教育的目的是培养自然天性充分得到发展的“自然人”，这种人实际上就是自食其力的小资产阶级上层人物。这种思想强调教育必须顺应儿童天性发展的自然历程，即遵循儿童身心发展的特点，同时还要尊重儿童的个性特点。
卢梭对此进行了论证，他将教育理解为“自然的教育”、”人的教育”和“事物的教育”，后二者在遵循前者的基础上实现三者的协调一致。卢梭的自然教育理论存在着天性至上，把教育视为自然生长等偏激的观点，但在当时这种思想有着巨大的反封建教育的进步意义，这种强调儿童是教育主体的思想，开辟了现代教育理论的先河，他的论证初步触及遗传、环境、教育对人发展的作用问题。
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卢梭认为：“大自然希望儿童在成人以前就要像儿童的样子”。同时，他认为顺应自然的教育必然也是自由的教育。卢梭声称：“真正自由的人只想他能够得到的东西，只做他喜欢做的事情，我就是我的第一基本原理。”
卢梭生前遭人唾弃，死后却受人膜拜。卢梭被安葬于巴黎先贤祠（Le Panthéon）。1791年12月21日，国民公会投票通过决议，给大革命的象征卢梭树立雕像，以金字题词——“自由的奠基人”。
卢梭的观念渗入社会风气，成为时尚。年轻人模仿《爱弥儿》，要做“居住在城里的野蛮人”。路易王太子也深受《爱弥儿》的影响，按照卢梭的观点从小教育他的儿子，学一门手工匠人的手艺。据说，这就是路易十六那个著名的嗜好——业余锁匠的由来。
虽然起初法国启蒙运动的自由主义作家有几位是卢梭的朋友，其中包括德尼·狄德罗和达朗贝尔，但是他的思想不久就开始与其他人发生了严重的分歧。卢梭反对伏尔泰在日内瓦建立一家剧院的计划，指出剧院是所伤风败俗的学校，结果他同伏尔泰反目。
此外卢梭基本上属于情感主义，与伏尔泰及百科全书派成员所崇尚的功利的理性，形成了鲜明的对照。1762年，卢梭因其所撰教育论著《爱弥儿》一书出版，遭到法国当局的通缉。他一生的最后二十年基本上是在悲惨痛苦中度过的，1778年7月2日于法国阿蒙农维拉（Ermenonville）与世长辞，享年66岁。
卢梭成名后，关于卢梭故居也有过争论。在老城不远处有一处“卢梭故居”。
据说，当年，法国众多大文豪如巴尔扎克、司汤达、雨果等来日内瓦，瞻仰的都是这处“故居”。实际上，这处房产是卢梭祖父的住宅，并没有传给贫困潦倒的钟表匠儿子伊萨克·卢梭。
在日内瓦新区的古当斯大街也有一处“卢梭故居”。