《理论思维的前提批判》，辽宁人民出版社，1992；中国人民大学出版社，2010；
《现代教养》（合著），吉林教育出版社，1996；
《崇高的位置》，吉林人民出版社，1997；人民出版社，2010；
《哲学通论》，辽宁人民出版社，1998；复旦大学出版社，2005、2007；人民出版社、吉林人民出版社，2010；
《超越意识》，吉林教育出版社，2001；
《马克思辩证法理论的当代反思》，人民出版社，2002；
《哲学修养十五讲》，北京大学出版社，2004；
《思想中的时代》，北京师范大学出版社，2004、2013；
《孙正聿哲学文集》（九卷本），吉林人民出版社，2007；
《当代中国马克思主义哲学专题研究》（合著），吉林人民出版社，2010；
《马克思主义基础理论研究》（上下卷）（合著），北京师范大学出版社，2011；入选“国家社科基金成果文库”；
《孙正聿讲演录》，长春出版社，2011；
《马克思主义辩证法研究》，北京师范大学出版社，2012；
《理想信念的理论支撑》，吉林人民出版社，2014；
《人的精神家园》，江苏人民出版社，2014。 《中国社会科学》（中英文版）发表论文（13篇）
对科学的人文主义理解，1990；
辩证法的批判本质，中文1992；英文1995；
寻找意义：哲学的生活价值，中文1996；英文1999；
塑造和引导新的时代精神，2001；
建构马克思主义政治哲学的前提性思考和理论资源分析，2006；
提出和探索马克思主义哲学研究中的重大理论问题，2007；
辩证法：黑格尔、马克思与后形而上学，中文2008；英文2008；
解放思想与变革世界观，2008；
“现实的历史”：《资本论》的存在论，2010；
列宁的“三者一致”的辩证法——《逻辑学》与《资本论》双重语境中的《哲学笔记》，2012；
《哲学研究》发表论文（12篇）
认识的内容和形式的二重性，1985；
从两极到中介，1988；
本体论批判的辩证法，1990；
论哲学对科学的反思关系，1998；
关于哲学教育改革的几个问题，2000；
怎样理解作为世界观理论的哲学，2001；
生存论转向的哲学内涵，2001；
历史的唯物主义与马克思主义的新世界观，2007；
历史唯物主义的真实意义，2007：
历史唯物主义与哲学基本问题，2010；
哲学研究的理论自觉，2011；
恩格斯的“理论思维”的辩证法，2012；
《求是》发表论文（2篇）
以理论方式面向现实 探索和回答时代课题，2011；
怎样做到“一切从实际出发”，2014；
《新华文摘》转载论文（21篇）
从两极到中介，1988；
哲学前提的现代文化批判，1991；
崇高的位置：徘徊于世纪之交的哲学理性，1996；
辩证法理论的当代反思，1997；
解放思想的哲学与哲学的思想解放，2000；
恢复“爱智”本性的哲学，2000：
反思：哲学的思维方式，2001：
哲学创新的前提性思考，2002；
当代人类的生存困境与新世纪哲学的理论自觉，2004；
努力展现马克思主义哲学的理论魅力，2004；
20世纪上半叶哲学观论争与当代中国哲学发展道路，2005；
哲学学科建设与哲学教育改革，2006；
以哲学的工作方式推进马克思主义哲学研究，2007；
前提批判的哲学理论——一种哲学研究范式的自我阐释，2008；
改革开放以来中国哲学发展的历史与逻辑，2009；
解放思想与变革世界观，2009；
理论及其与实践的辩证关系，2010；
“哲学就是哲学史”的涵义与意义，2011；
哲学的形而上学历险，2012；
马克思主义辩证法研究的当代课题，2013；
《资本论》与马克思主义哲学，2014。