不管什么原因，都有一定的忍受极限，超过了可以忍受的极限，之后思想变得扭曲，进而思想随之变化，从而行为发生变化！哎，人非圣贤，孰能无想不开的！

哲学问题，很难，不是高手请勿入。

首先说一点，第一句的一连串推导无一不缺乏根据，不严谨的溯源只会自己走入死胡同。
其次，所说的哲学、思想、世间（这个词用的水平太差了）、自然、宇宙、本质，不知楼主在随意把它们列成一句似是而非的话之前，可否完全明白它们的意思，知晓它们的定义？倘若不知晓彼此的定义，却硬要设定彼此之间的关系并对其发出本体论或目的论的追问，则错误的问题必然无解。
因此只能就楼主的部分问题作答：
1、有关一连串的“从何而来”。虽然楼主使用了同一个词组，但所表达的意思却随提问对象的不同而不同。其中对哲学、思想的追问是指其来源，是默认了哲学和思想不是从来就有，所以必从他物转化而来。而对自然、宇宙的追问是指其产生本源，其变化前后被认为只是形态变化，却拥有同一构成，因而是从一种形态变成另一种形态，而始终存在。对于前者，则哲学和思想从生存-行为-实践中得来；对于后者，属于纯科学问题，和哲学无关。
2、本质。首先要明确本质的含义。本质是亚里士多德创造的一个名词，指某一事物得以区别于其他事物的内在规定。对本质概念的更早追溯还可以到达苏格拉底，而通过对苏格拉底的研究我们可以知道，亚里士多德的所谓本质其实不过是人对自然物所下的定义而已。问题在于，这一定义明明是后下的，但人们却认为之所以会下这一定义，一定是一种必然，必是该物体中内在含有这一定义；因此在本体论哲学里，人为的、后下的定义，反而成了客观的、在先的某种规定。这种把认识得出的定义当作事物中本来就有的本质的观点，就是本体论，它在黑格尔时代达到顶峰，在黑格尔死后也随他进了坟墓——现代哲学对其不再探讨了。
3、籍由上面关于本体论的哲学史介绍，楼主最后的三个问题（问的也无非是哲学和本质之间的关系）也就很好解答了。必须看到，楼主的问题之中包含着楼主本身的成见，即认为对本质的探讨是从来就有的东西，而且哲学也必须探讨本质。但情况并非如此。本质这一词语并非从来就有，也并非一直存在，更不必然是哲学的对象。因此只能说本体论属于哲学的一种，而只有在本体论范围内，本质一词才才成为哲学所研究的对象。