我国目前食品安全存在的主要问题如下：
　　 1、化肥农药等残留污染问题越来越严重
　　在过去五十多年的我国的农业发展中，农业的化学投入品的数量急剧增长，每年销售和使用的农药大概一百七十万吨左右，其中大部分是使用的国家已明令禁止的。有人判断每年使用的一百七十万吨农药中，大约有百分之三十是含有有机磷的，它对于毒性的残留、对消费者的健康都是有很大的影响，我国每年使用的化肥折成存量是四千二百万吨，平均每公顷土地所使用的化肥的生成量超过四百公斤，和美国和欧洲的标准化肥使用的安全性每顷二百二十五公斤，化肥在土壤中的残留显然也是非常严重的。 以监控相对比较严的北京以例：据北京市农委介绍，在对本市农产品进行“体检”时，发现市场上有18％的农产品有害物残留量超过了国家规定标准，其中的蛋品超标率为33％，蔬菜为20％，水果为18．7％，肉类为17．6％。在对蔬菜有机磷残留量的检测中，京郊自产蔬菜中超标率占17％，外埠进京蔬菜更高，达69％ 。现代医学研究证明，在致癌因素中，由环境因素引起的占80%，在环境因素中，由有毒化学物质污染的8%。
　　2、食物加工中滥加化学添加剂，导致全国食物中毒现象日益严重
　　我国不少农民大量使用催生剂和激素，滥施化学剂、争取果菜早上市，使农产品质量下降，造成水果、蔬菜和肉类普遍口感和安全性较差，有的还含有对人身有害的成分。农民为了争取果菜早日上市，卖个好价钱，普遍使用早熟技术、化学制剂、激素类物质，使农作物超越某个生长阶段和环节的催熟已成为农民经常使用的方法。 目前我国农药中毒（食物中所含农药）人数每年平均超过10万人，生产性中毒与非生产性中毒的比例约为1/1。因蔬菜水果农药污染造成的急性中毒事件屡见报道。以广东省为例，自1987年至1992年，全省共发生中毒事件500多起，1万人中毒，均由食用农药污染的蔬菜引起。每年卫生部都收到大量的食物中毒报告，食品安全是威胁群众生命健康的一大隐患。
　　 3、食物健康污染问题变得愈来愈严重、愈难控制。
　　随着人类生产和生活的不断进步，食物受到化学物污染的机会日益增多。除由于食物意外地被大量农药、铅、砷等有害物质污染而引起急性中毒外，目前更受到关注的是少量化学污染物长期通过食物进入人体而造成的慢性健康危害。如DDT等农药、重金属铅、汞、以及燃煤中的氟等。因为，这些污染物可能在人体内长期蓄积而对健康造成各种慢性危害。此类化学性污染大都是工业化的副产品，一旦进入食物链，很难消除。 例如，铅污染造成的儿童智力发育障碍、鱼的有机汞污染造成的肝、肾损伤和胎儿先天畸形、燃煤中氟污染食物而引起氟骨症等等。这类污染由于其污染物的种类多、污染来源多、难以发现，以及对健康危害的性质严重（如，脑损伤、致癌、先天畸形等），而受到（消费者）特别的关注，甚至引起恐慌，如近年的二恶英污染事件、英国的疯牛病事件等。
　　4、农产品及其加工产品出口面临挑战
　　我国近年来大量的农产品出口被退回，主要原因是：杂质；食物卫生差；农药残留；食物添加剂、色素问题；标签不清晰；黄曲霉毒素污染等。食品安全问题已使我国在农产品贸易中遭受巨大损失，对国家也产生极大的负面影响，不仅损失食物，损失运输费用，而且未来货物的价格将被迫降低，最严重的是丧失了对我国农产品的信任度。