我国食品可追溯体系的建设目前还处于发展阶段，目前规范的企业也相对较少，分析存在的问题有：
1、缺乏统一认识。我国目前对食品可追溯体系还存在一些误区，往往把食品安全追溯认为是责任追究。
2、缺乏标准要求。目前我国食品可追溯体系缺少实际操作过程中的指导文件来规范企业，导致一些企业把食品追溯作为一种营销手段来吸引消费者。
3、缺乏协调机制。我国实施食品可追溯体系管理，有国家及各级政府的同步推进，同时还有农业、质检、工商、科技等部门分段监管。但相互间缺乏沟通与协调，重复建设甚至相互冲突现象时有发生。
4、缺乏信息整合。由于各职能部门缺乏沟通协调，信息没有形成共享，追溯系统之间无法实现信息对接，所以信息资源的整合及综合利用很难展开。
5、缺乏统一认证。在食品行业中，有 ISO认证、绿色食品认证、有机食品认证、 QS认证等各种形式，但就是因为这么多的认证体系和机构没有形成统一标准，往往降低了消费者心中的信任。
正航软件食品安全溯源核心机制构建于正航CAP创新开发平台，正航CAP平台是通过新一代信息化技术开发的平台化软件，可结合各种硬件设备接口（如RFID、手持PDA），实现食品从生产源头到流通环节的全程可追踪，是解决食品安全问题的主要监管措施，其特性在于平台的稳定性及扩展性，可根据各种类食品特性，快速导入流程作业，实现生产商、消费者双方受益。