古代预防传染病、瘟疫的书籍最典型与著名的是明末清初吴有性著《瘟疫论》：《瘟疫论》阐发疫病流行的特点、治疗的方法应当与张仲景著巜伤寒论》有所不同，因传染病与瘟疫与“伤寒”是有根本区别的。《瘟疫论》病学将传染病与瘟疫从伤寒独立出，从而纠正了前人的错误，并补充了前人在理论上的空白，使传染病与瘟病的治疗摆脱了巜伤寒论》的束缚，最后才建立起来了中医《传染病学》。《瘟疫论》在传染病的病源、病因以及免疫性、流行性的大量论述都十分科学。尤其在巜细菌学》出现之前，《瘟疫论》提出：“夫瘟疫之为病，非风非寒，非暑非湿，乃气间别有一种异气所感”，这种异气即“戾气”。这种学说是十分先进的。《瘟疫论》对瘟疫的免疫性的论述是十分令人敬佩。书中说：“至于无形之气，偏中于动物者，如牛瘟、羊瘟、鸡瘟、鸭温，岂但人疫而已哉？然牛病而羊不病，鸡病而鸭不病，人病而禽兽不病，究其所伤不同，因其气各异。”理论上阐述的很绝妙。《瘟疫论》还提出了传染病的传染途径是“有天受，有传染”。“天受”就是空气传染，“传染”就是接触传染。所以书中注明“凡人口鼻通于天气”，“呼吸之间，外邪因而乘之”。《瘟疫论》认为传染病流行形式可以是大流行，也可以是散发的。这就是《瘟疫论》的理论和经验。