明末清初时期，社会处于激烈变革之际。明朝内部政治腐败，社会矛盾激化，农民起义风起云涌。关外女真势力崛起，与明军对峙于辽东，形成步步紧逼之态，毫不掩饰侵蚀中原的企图。面对日益严重的内忧外患，明末思想家应运而生，开始更多的思考现实问题与政治之改良。其中，以王夫之、黄宗羲和顾炎武为代表，被称为“明末三大思想家”。他们以反抗清朝统治为己任，多次参加反清活动，并提出了各种改良社会的主张。如肯定“人欲”的现实面需求，提倡“工商皆本”的主张，反对封建专制主义。客观上来说，这些思想与主张反应了时代的需求，具有一定的进步意义。

清朝大兴文字狱，强力镇压异己和清除反对者。清朝当权者对知识分子的监控不断强化，社会环境空前紧缩，以致思想禁锢、言路堵塞令人发指，严重阻碍了思想文化的发展。反观明朝，“阳明心学”发展壮大，离经叛道李贽横空出世，无不体现了文化的繁荣局面。到了晚明时期，民间书院的兴盛冲击了官学的地位，使得知识分子影响力与日俱增。他们经常利用在书院讲学之际，借机批评时政，“东林书院”由此发展壮大，成为了与当权派对抗的中心。当时学者也会借用举行“讲会”的机会，倡导新的思想价值与人生观。另外，西学东渐传播加快，带来了科学精神和实学风尚，促进了东西方文化的交流互鉴。

清朝经过数代统治者的努力，使专制主义中央集权达至了封建社会的顶峰，社会政治环境恐怖无比，知识分子委曲求全才能保全自身，产生具有变革思想家的社会空间依然被压缩殆尽。1644年，清朝入关采取拉拢打压两手抓政策，迅速统一了全国。在经过康熙扶持南书房、雍正设立军机处，使得国家权力中心不断转移。在这一过程中，皇权亦不断得到强化，最终集于皇帝一人。大权在握的皇帝，为了实现永久统治，采取了空前高压的统治手段，竭力清除一些不稳定的社会因素。诸如大力宣扬“忠君爱国”思想，打压反对进步思潮。在皇权专制之下，人人可危，朝不保夕，思想的进步就无从谈起了。加上皇帝握有科举制这件“大杀器”，更使得知识分子为了获取上升的通道，不得不违背自己的良心，与皇帝当权者同流合污，丧失了学术思想的追求。最终，知识分子的就范，葬送了思想文化的发展。

综上，历史背景的不同，社会环境的日趋严峻，酿成了清朝知识分子相较于明末思想家而言，层次略逊了不止一筹。