回答楼主问题：

不知道楼主的的身份是高中生报考选择学校，还是本科生考研选择学校，还是研究生考博选择学校，还是博士或博士后毕业选择就业单位。

高考报志愿如果楼主想选南大和复旦，就说明楼主的分数已经很高了。这两所学校都是国内双一流，985重点高校，都是名校。这时候做决策就要看楼主是考虑专业，还是考虑地域。如果楼主所报专业两所学校都有，那就看看两所院校该专业的排名和就业情况，是不是重点学科。因为每个学校都有自己的双一流学科，和一些重点学科。如果考虑地域，那就看楼主是喜欢南京还是上海。

本科生考研选择学校。如果是这种情况，首先看报考专业两所院校的实力情况，谁排在前边。其次看招生人数，报录比，复试比例，及往届师兄师姐的考试反馈情况。再者，看看两所院校该专业的导师情况。把上面这三点综合考虑，然后作出选择。

研究生考博，要看两所院校的专业方向哪个更贴合楼主心意。重点看导师学术水平，博士培养相关文件，需要发多少篇文章能毕业，有没有与国外联合培养的政策等等，博士一般各高校自己订考试时间，所以两个学校都可以考一下。哪个考上了，去哪个。记着一点，能评上博导的业务水平都不会太差，这时候就要重点打听其人品了。

博士毕业找工作。这个基本上考虑两点。其一，给你的待遇怎么样。安家费，科研启动基金，立项支持，过渡住房，解决配偶工作。其二，职位未来发展前景怎么样。多久可以晋级职称，担任导师，学校对本专业的扶持力度等。复旦和南大都是名校，但可能各自有不同的扶持学科，如果待遇都差不多，就看哪个学校的这个专业发展前景好，你就去哪个。如果只考虑待遇问题，那就简单了，谁给的待遇好就去哪个。

祝楼主一切顺利！

举个最简单的例子，每年南京大学的本科生都有考研到复旦的，也有南京大学的硕士考到复旦去读博士。

但基本很少有复旦的本科生和硕士生考到南京大学去。

同时，在复旦可以找到不少从南京大学跳槽去的老师，但是南大却很少有从复旦跳槽去的老师。

仅就这两点而言，南京大学和复旦大学，哪一个更好，大家都是用脚来投票了！

当然，会有人拿出各种各样的科研、论文以及教学等等数据，来说明南京大学已经比复旦强了。

这个并不否认，其实南京大学的学风要更好一些的，毕竟南京没有上海那么好玩，那么发达，大家在南京能静下心来做科研，做学问。

但是，就是这么气人，很多人还是会毫不犹豫地选择去复旦。

人本性就是同样条件下，好逸恶劳的，复旦更安逸，更潇洒，为何不选复旦？

其实，说到底，是复旦是上海的学校，而南京大学只是江苏的学校。

上海的城市优势要远胜于南京的，很多人选择复旦，只不过是因为上海有更多更好的资源，去复旦，是为了占用上海的资源。

至于复旦到底在科研学术上是不是比南京大学强，那并不重要。

关键是上海那么多好公司好单位，也更认可复旦的毕业生，这就足够了。

当然，也有复旦的毕业生去南京工作，也是挺受欢迎的。

相反，南京大学毕业生去上海工作，就没啥优势了。

而上海确实很多南京大学毕业生向往之地。毕竟上海的经济更发达。

当然了，如果是不图上海的繁华，就是想安安心心做学术，做科研，其实选南京大学也是不错的，静下心来，外界少一些干扰，才更容易出成果。

所以选择复旦大学还是南京大学，就看你想选择什么样的生活，什么样的人生了。