究竟是谁杀了宋教仁，这本来就是一个很难解开的迷案，只能分析其可能性。

首先说袁世凯，从情理上讲是有很大的嫌疑的，因为袁世凯想当总统、想当皇帝、想中央集权，而宋教仁想搞政党政治，想搞议会政治，所以二者构成尖锐的冲突。袁世凯曾想多方的收买宋教仁，但是宋教仁不买账。宋教仁是国民党中的新星，口才极佳，组织能力强，与孙中山、黄兴等堪称国民党的三剑客。如果任由其推行议会政治，已经成为国民党在议会中领袖的宋教仁可能进一步做大，从而威胁袁世凯的统治，这是袁世凯无法容忍的，必须除之而后快。所以从逻辑上推论，这有很大的可能性，当然这也不是定论。就像光绪帝先于慈禧太后前一天死一样，事实虽很难证，逻辑上却非常契合。宋案发生后，全国舆论哗然，媒体报道，认为是袁世凯的总理赵秉钧雇佣杀手应桂馨所为，民意多以为是。

但还有另外一种说法说是陈其美，因为陈其美是孙中山的嫡系，而当时宋教仁在国民党内地位迅速攀升，风头盖过了孙中山，所以不得不杀其势。陈其美本来就是以暗杀起家，光复会首脑陶成章因为不满孙中山就被其暗杀。而且应桂馨和其关系密切，曾当过孙中山的卫队长，凶手武世英就是在陈其美的上海模范监狱中死去的。而且宋教仁临终遗言只写给了袁世凯，只是叫黄兴帮忙料理后事，绝口不提孙中山。因此这一方面也有可能，不可一般以前一种可能性为大。