首先，盲目追求改造速度，滋生了“左倾”冒进情绪。

国家对农业的社会主义改造，开始时采取积极发展。稳步前进的方针，中央对这个方针的认识直到1955年春夏间仍是一致的。但是到了6月下旬毛泽东从南方考察回京后，对农业形势和农业合作化发展方针做出了新的判断，要求农业合作社从当时的65万个发展到1956年春天时达到130万个。
  为此，毛泽东还严厉批评了当时对此持反对意见的农村工作部部长邓子恢。尤为严重的是，在1955年10月召开的七届六中全会上，毛泽东更把邓子恢的“错误”性质进一步升格为“右倾机会主义”，这对后来所犯的一系列“左倾”错误影响很大。

在农业合作社高潮的推动下，1955年冬，资本主义工商业全行业公私合营也在全国范围内迅速实行，在短短的两三个月的时间里，全国几十万私营工商业一齐涌进来，这样，工作中的粗糙及政策性的偏差自然就在所难免了。
  

其次，改造中的不良举措一定程度上损害了人民群众的利益。

开始时中央对农业、手工业的社会主义改造实行自愿互利的原则，主张逐步推进。但1955年后受一些领导“左倾”思想的影响，改造进程过急过猛，使得原来一些正确政策都被抛之脑后，80%以上的农民是在短短的一年半的时间内加入初级社并随即转入了高级社，这显然超越了农民当时的觉悟水平，也违背了自愿的原则。
  更何况，后来对农民的土地等生产资料作价偿还也没有认真执行，这在一定程度上，损害了农民的利益，挫伤了农民的生产积极性。

同样，在资本主义工商业改造中，对一部分工商业者的“界定”有偏差，把大量并无雇工剥削的小商小贩小手工业者与私人资本家等同看待，混淆了剥削者与劳动者的界限，这就造成改造的面过广，使得许多小规模个体经营者也被划入了公私合营的范围。
  

第三，无视生产力发展状况和社会生活需要，改造模式集中、单一。

由于在农业社会主义改造中缺乏经验，在很多方面照搬了苏联集体农庄的模式，形式过于集中及单一。如土地和主要生产资料一律归集体所有，基本上消灭了个体经济；在管理体制上，强调集中生产，忽视了农业生产和手工业生产的特点和家庭经营的重要作用；另外，农业合作社和手工业生产合作社规模过大、不允许农民经商，这些都对农业经济发展产生了负面的影响，这些错误尽管在1956年下半年时党中央有所认识，但由于不久开始的反右倾斗争、人民公社化运动等，这些问题非但没有解决，反而加剧了。
  

在对资本主义工商业改造时，由于强调集中统一，盲目合并过多，个体经营被绝对禁止，使一些工厂企业失去了原来的生产经营特点，阻碍了商品流通，这些都不利于生产的发展，给社会经济造成了许多问题，而且由于党中央后来连续犯左倾错误，使这些问题长期得不到解决。
  

  对资本主义的改造过快过急，由于我国农民阶级在全体人民中的比重占到百分之八十左右，所以计划进行中有浓厚的小农倾向，对土地、资本的分配上存在着强烈的主观性，分配不均的现象多有发生，打击人们继续发展经济的积极性，太容易得到土地的农民，过了最初的兴奋期之后，在刚刚建立的社会主义体制下很快形成了干多干少一个样，干好干坏一个样的思想，小农的懒惰、依赖心理作祟，使得经济退步，对地主阶级的严厉打击，甚至剥夺人权，无视他们的能力，阻断了他们为社会主义建设做贡献的道路。
  在工商业领域中，对很多进步人士没有进行区别对待，对于做出贡献的人也没有给予应有的感情回馈，打压了他们的积极性，这些带有资产阶级色彩的人往往具有渊博的知识或者是灵活的经济头脑，掌握的是小农无法掌握的一些经济种子，失去他们的支持，是经济建设的一大损失。
  正是因为没有正确的方针、方案进行指导，才使得社会主义改造后的短短两年间就出现了大跃进、人民公社化的错误路线，大炼钢铁等政策，既造成了资源人员上的浪费，又使得我们错过了时代进步的步伐！这些都是社会主义改造的遗留问题造成的后果！。