当南明正规军不是望风而降，就是一触即溃之时，明末的两支农民军主力，大顺军和大西军的余部却一直在南明的旗帜下与清军殊死作战，的确是令人嗟呀的一件事情，其实细究起来，这种现象并不一定是因为农民军多么忠于南明朝廷，而是各有各的缘故。

一、偏处一隅、听调不听宣的大顺军

大顺军与满清和南明朝廷可以说都是有血海深仇的，大顺军逼死了明朝末代皇帝，而其领袖李自成也死在明朝地主武装手里。大顺军本来几乎统一了整个北方，却因为清军入关功亏一篑，无数将士和家眷死于清军之手。所以，跟哪边混似乎都不是一个好选择。

大顺军作为农民军，有典型的农民式的狡猾，趋利避害是其本能反应，所以倾向于和软弱的南明合作

然而不选边站又不行。大顺军余部无立锥之地，如果继续自行其是的话，就会腹背受敌，灭亡指日可待。李自成的侄子李过本来打算投靠看起来更强大的满清，但是李自成的小舅子高一功坚决反对，主张与南明合作，其具体原因已经不得而知，不过从后来看，大顺军投靠南明是有条件的，基本上是听调不听宣的半独立状态，这也是因为南明朝廷弱势，如果投降强势的满清，肯定没有这个待遇。

而接下来的一次杀降事件，坚定了大顺军不降清的决心。大顺军进攻荆州失败后，被迫撤入三峡地区，部分将领悲观失望，李自成的三弟李孜、磁侯田见秀、 义侯张鼐、武阳伯李友、太平伯吴汝义在彝陵口带领部众五千余人向清军投降，结果全部将领都被处死。

既然投降也是个死，大顺军当然就绝不降清了。退到三峡的余部号称夔东十三家军，与四川南明军合作抵抗满清长达十八年之久，所有将领不是战死，就是自尽。可以说大顺军余部如此坚定的抵抗意志，都要拜满清的杀降政策所赐。

二、先为权臣、后为强藩的大西军

大西军在领袖张献忠死后，由其四个义子率领放弃四川退往贵州。长子孙可望治政有方，很快将贵州建设成为坚强的根据地。此时南明朝廷岌岌可危，孙可望仿曹操“挟天子以令诸侯”之法，扶持永历皇帝，权倾朝野。

李定国的个人想法决定了大西军与南明共存亡的结局

但是次子李定国却始终记着张献忠死于清军之手的深仇大恨，坚决主张抗清，连败清军，逼死定南王孔有德，杀死满亲王尼堪，威望超过了孙可望。孙可望出于嫉妒想杀害李定国，双方发生内战，不得人心的孙可望失败降清。

李定国没有什么文化，其执政后南明文臣多以君臣大义对其潜移默化，李定国逐渐以岳飞自比，始终效忠懦弱无能的永历帝。

李定国抗清示意图

李定国虽然抗清态度坚决，但其性格比较偏执，对投奔其的孙可望部众不能平等对待，导致大西军一再分裂，他对政治也一窍不通，永历朝政日益腐败，所以最终仍然失败。大西军的坚决抗清本来就只靠李定国一人维持，他一死，余部包括其儿子都投降了。可以说，大西军对南明朝廷并没有多少忠心，只是李定国这方面表现得太突出了，掩盖了大多数将士并不怎么尊重朝廷的行为。