序列拼接软件：velvet,SOAPdenvoo,SSAKE,ABySS,Trinity 等短序列比对软件： bwa,bowtie,tophat,SOAPAligner 等局部比对软件：Blast,blat,CorssMatch 等多序列全局比对软件：Muscle,clustalw 等基因预测软件：Glimmer,GeneMark,Augustus,FgeneSH,SNAP,GeneScan,EuGENE,Glean等重复序列预测软件：RepeatMasker,TRF等聚类软件：MCL,hcluster_sg等统计软件：pLINK，TASSEL，R，SPSS等...

物理信息，化学信息，生物信息，行为~的区别？

物理信息：比如说像光电声音等，如蝙蝠超声波定位运用了物理信息中的光，夏日打雷惊起了冬眠的动物是物理信息中的声信息，电鳗作用了电来调节是物理信息中的电信息。

化学信息：例如花香招蜜，狗闻尿液找路，激素，汗液等有关气味的信息。

行为信息：就是根据特别的行为来命名的，如蜜蜂跳舞招引同伴，孔雀开屏来吸引异性等。

至于生物信息，由于我学的是人教版的未涉及，所以我不能确定。

但顾名思义，可能是食物链中的食和被食的关系，来促使进化的关系，换句话说就是用来调节种间关系的一种信息。