人品问题。他从小是个优秀学生，大学毕业后去美国留学，是理工科的，读到博士。但是呢，除了读书还不错之外，他在学术上毫无建树。他自己的说法是不感兴趣，不想呆在实验室里研究，要做自己感兴趣的事情。

他究竟是没兴趣，还是没有做科研的能力，这就见仁见智了。总之方舟子没有选择做科研。一个生化博士，不做科研，他的路怎么走呢？方舟子的选择是怎样？他先后搞过网游，搞过文学，卖过书（包括中医书籍），开过一个叫做新语丝的网站……反正他做的事情挺杂的。也许是他兴趣广泛吧。方舟子在学术上没有建树，在其他他所涉猎的领域，也没有做出过什么为人瞩目的成绩。虽然他是留美博士，他的文字功底算是不错，网站也开起来了。

但即便有这些，依旧是个普通人，一个聪明、兴趣广泛的普通人，不是吗？可他渐渐为很多人所知晓，是什么原因呢？他以什么出的名？两个字：打假。方舟子最早的打假据他自己说，是看不过一些假药广告。正好他是生化专业的所以能够识破那些假药广告中的伪科学嘛。于是在网站上对它们进行了揭露。然后呢还在网站上欢迎网友举报社会上的各种”假“。渐渐地，方舟子的打假范围越来越大，从假药保健品类到有学术问题的学者，从跟他生化专业相关的东西到非他专业的东西到邪教，到说假话的名人。不说包罗万象吧，那也是五花八门。渐渐地，他就被人誉为“打假斗士”。在中国这种假货遍布的社会有这样一个天天打假的人。

这至少是很多人早先对他的认识。方舟子本人在接受采访的时候多次说自己“对真相有洁癖”……虽然在2010年之前，也有对方舟子反对的声音（骂或者是批评），但是从主流上来说，对他都是比较肯定的。2010年他还获得了感动中国十大人物奖。他大概是从2010年开始名声随着几件事情逐步扩大的。一开始是遇袭案，2010他遇袭造成轻伤。后来凶手被抓。然后牵扯出医学教授肖传国。当时媒体和大众普遍认为肖传国为方舟子遇袭案幕后指使，因被方舟子打假生恨，雇凶杀人。之后方舟子“打假”唐骏、乐嘉、李开复，这几位都是商界或者娱乐界的名人。方舟子在新浪微博上的粉丝数量因此剧增。后来就是打让他“名声大噪”的韩寒。由于韩寒的影响力了得，他所“揭露”的问题又让人匪夷所思。这件事没有如同以往，方舟子打假谁，谁就被公众较为一致地认定为“假货”“骗子”，而是让方舟子遭到更多的质疑。

人品问题。他从小是个优秀学生，大学毕业后去美国留学，也是个很有学问的人。