google学术搜索是免费的，大学图书馆数据库是付费服务，虽然学生和本校教职人员可以免费使用，但是大学或教育部为获取其中数据库的检索权是要缴费的。这个是本质区别。因此你不能保证google学术搜索的数据来源完整性，比如你只想搜索EI的数据库，大学图书馆的检索入口可以提供完整的数据背景，而google对EI的收录是否完整，无从考证。
其次，google收录的数据比较杂，除了正规的论文数据库外，很多额外的数据源也被收录，比如很多欧美大学自己的院系论文发表网站，这些论文是否被正规期刊或学术会议收录，没有一一进行验证。

google学术搜索的优点也有很多，最大的优点就是免费以及引用查询功能。
免费这一条对企业开发团队来说很重要，因为企业不可能为了查询某篇文章而去买数据库的检索权，所以万方、知网这样的按文章付费的网站一直是首选。但是现在可以使用google的服务，连万方、知网的费用都省了。
利用引用查询功能可以动态的查询文章的被引用次数，以及某作者的所有文章在某段时间的引用次数。很多国外大学都把这个查询结果作为教授评定的一部分。