研究对象涉及到生物体且生物体内表达蛋白，理论上都可以应用蛋白质组学。

蛋白质组学是以研究生物体蛋白组成及其变化规律为目的的应用科学。主要使用的仪器为液质联用高分辨率质谱仪。详细来说，蛋白质组学包含许多分支：非标定量蛋白质组学（定性研究生物体的蛋白组成），定量蛋白质组学（对生物体蛋白表达含量进行测定），修饰蛋白质组学（对蛋白质翻译后修饰进行检测）及相互作用蛋白质组研究（蛋白质直接相互作用机制解析）等。

蛋白质组学属于后基因组时代的科学研究，针对基因表达产物进行检测与定量。因此更能反应出生物体生理条件下的水平与状态。