我曾经也在这个问题上纠结过。下面是我了解的一些东西，希望对你能有所帮助。
学术型硕士就是平时说的科学硕士，专业型硕士就是工程硕士。
就我国目前的国情来看，从过去到前两年一直培养的是科学硕士，从培养目标出发来看的话，是培养研究型人才，也就是毕业之后搞研究的。但这也是悲剧的地方，几乎没有硕士毕业时是搞研究的，想搞研究的硕士都考博士了。而现在一大部分博士出来后也不是搞研究了。
工程硕士是发源于国外的硕士培养模式，目标不是研究什么新的东西，而是用所学的东西搞应用。其实之前也有工硕的，只不过只针对在职人员，所以大家知道的少一些。这两年也对应届毕业生开放了，所以这个问题关注的就多了。
工硕与学硕的培养模式是不一样的，就拿简单的例子来说，学硕的课程设置多是理论性质的，工硕一大部分是应用实践性质的。就目前国内的情况来说，学硕是导师制，原则上讲是跟导师做课题研究，但实际的情况就不说了，现在硕士的“身份”大家也都清楚=。=就国外的工硕培养模式来说，是与具体的应用实践挂钩的，起码一半的时间是在企业实习的。这也是工硕培养的一个初衷，就是与具体应用相结合，毕业后能快速的进入自己的社会角色。
但是就目前国情来说，不管学硕还是工硕，都有点走偏了。学硕的也不搞研究了，硕士成了廉价劳动力。而某些工硕的培养模式也照着学硕复制了一遍，只是换了个名。
现实的社会情况（仅就当前的情况）是，工硕刚兴起，社会不太认可。大多数人对工硕向往，但是由于起步晚、不成熟、国内认可度低、学费问题等原因，还是选择了学硕。这里的学费问题只是对于小部分的工硕，因为某些工硕的课程或者培养体系是从国外引进的，所以费用要高一些。
但就国际趋势、社会趋势和我个人的看法，工硕在将来将成为主导。例如，在美国超过60%的硕士都是工程硕士，他们的培养目标很明确，科学硕士就是搞研究的，确实也是这样的。绝大多数的科学硕士都搞研究去了。从今年开始，国家按照每年5%的比例减少科学硕士的名额，转而增加工程硕士，加大了对工程硕士的支持力度。由于在我国工硕也算是刚起步，所以出现这样那样的问题是难免的，但随着逐渐的发展和学习，这些问题都会迎刃而解。国内比较好的高校的工硕还是不错的，比较正规的。
PS：有些人瞧不起专业硕士，不知道这些人对MBA、MPA等是什么看法。
最后，单从这两个本身来看，学硕和专硕没有什么谁好谁坏，只不过针对的目标不同而已，选择什么还是要看自己的发展方向。