1、他分离了我国的副流感病毒Ⅰ、Ⅱ、Ⅳ型
2、对我国传统中药黄芪的抗病毒和对干扰素的作用进行了开拓性研究发现黄芪可以抑制某些病毒的繁殖，可以诱生干扰素，增加NK细胞的活性，促进19S抗体形成细胞的产生sIgA水平，增加二倍体细胞在体外的存活寿命，并在临床上证实黄芪可预防感冒并发现黄芪与干扰素的协同作用。
3、发现人脐血白细胞具有较强的干扰素诱生能力，选育出高产病毒株NDV－F系，最终研制成临床级干扰素制剂
4、他研制出包括α1b、α2a、α2b、γ等亚型的基因工程干扰素系列产品，其中重组α1b、α2a型干扰素已于1992年获得国家新药证书。重组α1b型干扰素是国际上独创的一类新药产品，也是我国第一个基因工程多肽药物
5、成功组建成原核高效表达载体pBV220系列及pBV320系列通用型高效表达载体
6、干扰素研究
侯云德同志对干扰素的研究是从研究副流感病毒开始的。早在50年代末留苏期间发现仙台病毒有不同的变异株，并证明它对人的致病性；发现该病毒在单层细胞培养上的急性细胞融合现象，并阐明了机理。以后国际上发展为70年代遗传学研究的重要手段时，他的有关著述曾受到广泛重视。由于他在科研上的突出成就，原苏联高教部破格越过副博士学位直接授予他苏联医学科学博士学位。回国后他分离了我国的副流感病毒Ⅰ、Ⅱ、Ⅳ型。
70年代初他对我国传统中药黄芪的抗病毒和对干扰素的作用进行了开拓性研究，发现黄芪可以抑制某些病毒的繁殖，可以诱生干扰素，增加NK细胞的活性，促进19S抗体形成细胞的产生sIgA水平，增加二倍体细胞在体外的存活寿命，并在临床上证实黄芪可预防感冒并发现黄芪与干扰素的协同作用。
70年代中后期侯云德同志对人白细胞干扰素的诱生及纯化进行了深入的研究，发现人脐血白细胞具有较强的干扰素诱生能力，选育出高产病毒株NDV－F系，最终研制成临床级干扰素制剂。1979年他创立了干扰素mRNA在非洲鲫鱼卵母细胞翻译系统，由于操作系统简便而受到当年国际干扰素大会的高度评价，随后被选入著名的《酶学方法》系列丛书。1982年他发表了α型干扰素cDNA克隆与表达的论文，成为我国基因工程研究的开创性文献之一。随后他于1983年采用TGATG序列成功地使融合的α1型干扰素蛋白，1984年他在研究重组干扰素基因表达载体的研究；1987年他和他的学生组建成温控型的原核高效表达载体pBV220系列，现已在全国普遍推广。1990年又组建成带有原核增强子样序列的pBV320系列通用型高效表达载体。经过10余年的持续努力，他研制出包括α1b、α2a、α2b、γ等亚型的基因工程干扰素系列产品，其中重组α1b、α2a型干扰素已于1992年获得国家新药证书。重组α1b型干扰素是国际上独创的一类新药产品，也是我国第一个基因工程多肽药物，与国外同类产品相比具有副作用低的优点；因此获得1993年国家科技进步一等奖。他获得的基因工程产品新药证书已有5个。
近年来，他又在干扰素基因的改造、导向干扰素的研制、妊娠干扰素及中国人基因组干扰素等位基因等方面做出了突出成绩；1992年他发现并克隆与表达了中国人α1型干扰素基因的2个新等位基因，进而证明新发现的α1c/d型基因在一部分中国人中占有优势；1987－1992年他先后经基因改造获得活性有明显改善并具有应用前景的α1/86D干扰素突变体及γ干扰素与上皮生长因子融合蛋白，1992年他克隆并表达了可能与生殖生理有关的中国人ω干扰素基因，1992年研制成一种具有肿瘤细胞导向性的脑啡肽干扰素。这些工作使我国干扰素研究能够密切跟踪国际前沿动向，并有所创新。由于他在我国基因工程干扰素方面的开拓性贡献，曾连续两届作为中国的代表当选国际干扰素协会理事。
7、痘苗病毒基因组的结构与功能的研究
痘苗病毒是最大的动物病毒，它的基因组结构与功能的研究是当今病毒学中的一项重大课题，在理论和应用上均有重要意义。早在1984年他就构建了我国痘苗病毒疫苗株（天坛株）的基因文库，经10年努力，现已全部完成该病毒全基因组（189,274kb）的测序与分析，这是国内完成的目前最大的一个生命体的完整基因组序列，并有多项重要发现。1985年他在英国《普通病毒学杂志》上首次报道了痘苗病毒基因组的HindⅢP片段，补充更正了国外学者的结论，随后被国外其他学者所证实。1989年他发现痘苗病毒血凝素是免疫球蛋白超家庭的新成员，这是已知功能的一个病毒蛋白属于该家庭的首例报道。该工作首先被英国牛津大学的同行所验证并由该校研究免疫球蛋白超家庭的权威Williams博士推荐给美国《实验医学杂志》免审发表。随后有关的国际权威科学家如研究痘苗病毒的Moss博士（美国国立卫生研究院）、研究病毒免疫学的Oldstone博士(美国Scripps Clinic研究基金会)以及研究HLA分子结构的Wiley博士（哈佛大学）先后来信肯定了该项发现并作出高度评价。以后英国和美国学者在该工作的基础上继续发展，在痘苗病毒及其他痘苗病毒蛋白中发现了更多的免疫球蛋白超家庭成员。该项研究成果被认为对病毒的起源与进化及病毒与宿主关系的研究具有重要启发意义，并且是这一方面的前驱性著述。1990年他又发现痘苗病毒 HindⅢK片段编码一种丝氨酸蛋白酶抑制蛋白，该蛋白可能与痘苗病毒的毒力有关。1992年他又发现我国痘苗病毒疫苗株与国外哥本哈根株的基因组序列在侧翼区存在较大差异，为比较和阐明痘苗病毒的毒力机制提供了重要线索。上述研究成果表明，他所领导的我国痘苗疫苗株基因组结构与功能的研究在国际上具有较高的学术地位。
8、其它医学病毒基因组的克隆和分析
他从我国妇女性疣组织中分离克隆了一株人乳头瘤病毒6型，经测序鉴定为国际上的一个新变种；他阐明了慢性宫颈炎的病毒病因，并证明乳头瘤病毒16型、单纯疱疹病毒2型和巨细胞病毒与慢性宫颈炎的发病有密切关系；单纯疱疹病毒2型基因组的基因文库。在实验室又研制成多种基因工程细胞因子和淋巴因子，并大力促进我国基因工程产品的产业化。
侯云德同志在国内外杂志上先后发表科学论文250余篇；主要著作有7部，部级以上全国性的成果有14项。他于1981年编著了《干扰素及其临床应用》一书，这是我国干扰素研究方面的第一部论著，该书既有理论深度，又密切联系临床实践，还概括了我国学者的研究成果，曾被评为1978－1981年度全国优秀科技图书。他1985年主编的《病毒基因工程原理与方法》一书，是中国学者根据国内经验编写的第一部基因工程技术专著，对于推动基因工程技术在我国医学病毒学界的应用起到重要的作用。1990年他编著了专业跨度极大的《分子病毒学》一书的全部章节，这部100多万字的专著系统介绍了各科病毒的分子结构与功能，概括了国内外及作者的研究成果，反映了80年代国际上分子病毒学的研究进展，也是我国病毒学界的一部最为全面、系统的病毒学专著。1994年10月第三届亚太医学病毒大会确认他对医学病毒学做出的突出贡献并授予荣誉奖励。
侯云德院士从事医学病毒学研究达50年，在干扰素等细胞因子及痘苗病毒基因组结构与功能的研究方面卓有成就，为我国医学分子病毒学，生物技术的发展作出了较大贡献。在国内外杂志上发表科学论文约400余篇；主要著作9部，部级以上成果20余项；其中国家科技进步一等奖1项，二等奖7项；国家自然科学二等奖1项，卫生部科技进步一等奖10项。获国家新药证书7个。