焦老在学术上强调用中医理论指导临床实践，特别重视辨证论治，主张用整体观和动变制化思想去分析观察疾病发生、发展、传变、合并、转归的规律。要求理、法、方、药，丝丝入扣。对咳嗽的辨治，反对脱离辨证论治一味地镇咳、止咳嗽的治法，提出宣、降、清、温、补、润、收治咳七法。常谓七法犹如音乐中的七个音阶音符，相互搭配，变化无穷。要做到法中有法，法外有法，圆机活法，存乎其人。提出“治喘两纲六证三原则”，创拟了麻杏二三汤，麻杏苏茶汤等六个治喘效方。对神经衰弱中的阴虚肝旺症和妇女更年期综合征创有挹神汤，对下肢淋巴回流障碍的足胫浮肿创有足消肿汤等等，这些方药广为临床医师采用。焦老主张有目的、有选择、积极地吸收现代科研成果和西医学的有关内容，取长补短，促进中医药e68a84e8a2ade79fa5e9819331333361303036学按照自身规律向前发展。他对中医科研工作提出了“继承前人学术，博采今人众长，突出中医特色，立足创新发扬”的研究方法。他提倡具有中医特色的创新，在诊治类风湿性关节炎方面颇有心得。1981年他对具有关节变形、骨质受损、肢体僵曲的痹病（包括西医学类风湿性关节炎、强直性脊柱炎等病），创议了“尪痹”这一新的病名，提出了初步诊治规律。中华全国中医学会痹病学组，1983年采用这一新病名和主要方药，组织27个省市科研单位进行了临床研究，与本溪第三制药厂合作，共同创制了“尪痹冲剂”，该产品畅销国外，并获国优产品奖。1990年焦老指导中日友好医院“七五”攻关尪痹科研组，又与该厂协作，通过五年研究，研制出第二代新药“尪痹复康”I、II号。本研究荣获国家中医药管理局科技进步奖。这一科研成果与诊治理论，不仅对尪痹病学术研究有一定促进作用，而且对《内经》行痹、痛痹、著痹、热痹（痹热）的分类法也有一定的补充意义，并且对类风湿性关节炎发病机制的研究，具有一定的启发作用。
焦老还多次应邀赴日本、美国、新加坡等国讲学，并被聘为日本中医学研究会名誉会长和美国加州中国医学研究院高级学术顾问、美国中医药研究院学术顾问、新加坡中医学院毕业医师协会永久学术顾问，受到国外医界人士高度赞誉。其主要著作《用药心得十讲》和《从病例谈辨证论治》二书，均获人民卫生出版社“优秀作品奖”。前者不仅在国内畅销，还远销东南亚各国，后者已被译成日文，在日本刊行。
1996年出版的《方剂心得十讲》，台湾准备刊行繁体字本，1997年出版的《焦树德临床经验辑要》一书，三、两个月销售告罄，现在进行第二次印刷，并获1999年国家科技图书三等奖。焦老还发表《治咳七法》、《心绞痛的辨证论治》、《中药临床运用》、《尪痹刍议》、《尪痹的辨证论治》等医学论文60多篇。日本《中医》、《新中医研究》杂志、新加坡中医学院《毕业特刊》上均有全文发表或转载。焦老曾任中央卫生部药典委员会委员，国家中医药管理局第一、二届重大科技成果奖评委会委员，科技进步奖评委会委员和科技攻关标书评委会委员。