在《星际争霸》中，绝大部分的剧情围绕着位于银河系的边陲地带、距离太阳系六万光年的克普鲁星区（Koprulu Sector）。故事背景源于未来的地球政权统合为「地球联合理事会UED」（United Earth Directorate），UED有鉴于日益严重的人口压力，提出探索外太空的殖民计划以求解决。

但是其中一只舰队在航行中因为发生意外而迫降到克普鲁星区的神族(Protoss)外围领土，并就此与母星地球失联，残存的舰队就此自我发展为「人类联邦」（Confederacy of Man），他们建立各自的殖民行星并就此落叶生根，神族因为对人类这个外来种族产生了兴趣，故而隐匿在暗中监视着人类联邦的发展，直到主宰(Overmind)发动第一次虫族(Zerg)感染事件……

《星际争霸》的时间点就发生在第一次感染时间之后，人类侧玩家扮演「人类联邦」的部队指挥(疑似《星际争霸II：自由之翼》的麦特霍纳Matt Horner，但是暴雪官方并未承认过)，与当地警长吉姆雷诺(Jim Raynor)一起应对残存的虫族，却因为抗命的缘故而被野心勃勃的革命家阿克图洛斯蒙斯克(Arcturus Mengsk)裹胁而起义反抗「人类联邦」的故事。

最后以阿克图洛斯蒙斯克建立「泰伦自治联盟」(Terran Dominion，另外《星际争霸》的人类势力名称Terran也是语源于此），而玩家跟吉姆雷诺趁机劫夺阿克图洛斯的新造旗舰「海伯利昂」(Hyperion)与其分道扬镳作结。

虫族侧玩家扮演由主宰催生的新生脑虫(Cerebrates)，虫族的主宰相信唯有吸收神族才能创造出最完美的虫族(但一切都只是幕后黑手对他下的暗示)，而脑虫就是为了达成他的手段的造物。直到之后神族的暗黑圣堂武士(Dark Templar)泽拉图（Zeratul）杀死虫族脑虫萨斯(Zasz)之后，泽拉图和主宰有一个短暂的联系，这使双方都得到对方的资讯。

而玩家在神族战役中则扮演年轻的执行官(Judicator，官方确认即为亚坦尼斯Artanis)，在艾尔沦陷以后临危受命，担下驱赶虫族的重责大任，但与其前任的执行官塔萨达(Tassadar)和吉姆雷诺带领的雷诺突击队(Raynor's Raiders)会合后，亚坦尼斯不惜违抗秘密议会（Conclave）的意愿，与塔萨达合作对付在艾尔上扎根的主宰。

最终在暗黑圣堂武士的协助下，塔萨达结合本身高阶圣堂武士(High Templar)与暗黑圣堂武士的幽能之力，在两者融合下的状态，与主宰同归于尽，但是满目疮痍的艾尔与失去控制的虫族，使得残余的神族不得不撤退到暗黑圣堂武士的母星夏库拉斯(Shakuras)…