（一）内部审计的职能定位不清晰，也与企业目标不符

企业在治理经营过程中，内部审计是最重要的环节。内部审计可以使企业能够保证合规运行、提高经营绩效，使企业能够实现自我约束。实际上内部审计就是对企业管理的确认和资讯，目的是为了实现企业的既定目标。但是，在很多现代企业中，内部审计目标方向还是查错纠弊，主要的指导方向也都是以合规性为主，这使得企业的内部审计工作与其本质发生了严重的偏离。有的企业甚至在经营管理中，职能部门出现问题时，没有从专业的角度处理，而是直接推卸责任给了企业的审计，形成了以审计工作进行还是不进行为主要导向的工作思路;也有企业把内部监督的审计部门的整改过程定义为企业的重要工作内容，企业的内部审计人员时常被企业基层部门的一些琐事缠身，根本无暇去将真正的审计业务完成，这也使得内部审计的日常规工作与其职能相背离。而这种情况一旦长久存在于企业中，就会导致企业的管理层觉得内部审计只会处理一些企业日常经营中的琐事，渐渐地便会对审计部门越来越轻视，从而使未来的审计工作很难在企业中顺利展开。

（二）机构的设置同内部审计的职能不匹配

内部审计的隶属关系层次越高，其地位就越高，相关的职能作用就发挥的越好，否则，审计职能的效力就会受到限制。在现代企业中，设置机构时，内部审计机构往往是有审计经理与审计助理共同组成，一位经理配备2～3个助理，这也让审计机构形成了一个独立的部门。为了保证内部审计的独立性，组织结构上内审部由审计委员会领导，实际往往由总经理或纪委领导。企业的总经理往往是出于对企业的治理为主，而纪委则主要侧重点在合规保障以及舞弊查处为主。但是，不论哪一种模式都有一个共同的局限，审计的独立性都会受到影响。当企业总经理领导审计的情况下，审计工作一定会被规定要让步于企业的生产任务，还会要求审计工作的执行必须在不能够影响生产管理者的前提下来完成。许多企业的管理中存在的瑕疵问题会借口是生产的需要而被企业所忽略，长此以往，就会给企业的经营发展带来重要的隐患。如果企业的纪委领导负责管理审计工作，那么就可以将企业存在的一些合规性问题有效解决，不过却无法阻止不合理的合规问题产生，而这也同样无法对企业的治理带来明显的效果。

（三）审计工作做得深度不够

目前既懂审计与财务，又懂经营管理的复合型人才较为短缺，在实际工作中表现对政策理解有偏差，对企业管理流程、作业流程不熟悉，对管理上不完善的地方把握不住，往往审计工作做得深度不够，表现在审计建议落实难度大，可行性差;被审计对象整改力度差，整改审计又流于形式，缺乏审计问责机制。还有的企业的业务通常有两种：一个是具有市场性，另一个则是具有一定的行政色彩。大部分在市场中的企业都只存在前一种，而国有企业往往会两者兼具。如一家规模较大的国有工程企业，首先依照每位业主的要求，遵从法律法规完成工程的施工任务。但是，业主却有着许多长期的合作伙伴，对一些具体的工作向企业提出要指定供应商的要求。而这要求往往也都是只发口头指令，并且企业为国有企业，需要依照正规的工作流程，从国资系统到总公司这一套标准的流程。怎样在保证时效性的前提下，找到两者之间的平衡点是一项重要的任务。因为企业的审计机构没有绝对的独立，而且客观性也不够，一旦遇到类似这种问题就会束手无策，在实行审计工作中难以从企业的治理角度入手深入地开展下去，也不能及时从业务的最初流程入手，实施审计工作的管理确认职能，这也是内部审计在企业中存在的问题。

（四）审计人员的培训体系不健全

我国现代企业的内部审计，起步发展得较晚，而且很多企业内部负责审计工作的职员都存在着工作能力参差不齐问题，大多数的审计人员是从企业的其他部门转岗过来的，如采办岗位、财务管理岗位等。这也使得构成审计部门的成员对企业的某一项业务比较精通，但是却对审计专业知识欠缺全面性，而且动态更新也存在不足。正是由于审计员缺少了相关知识以及经验，导致在工作过程这个很多地方不知道是对是错，就像是你不知道1+1的正确答案是2一样，人家告诉你答案是3，那么你也可能会信。如果员工不清楚某项业务、交易或者流程的标准，就很容易在工作中陷进去。由于我国的相关法律法规以及规章制度等，都是在随着市场的变化而迅速更新，这使得企业的经营需求越来越大，制约性也越来越突出，一定要从企业的层面着手建立一套科学合理的培训体系，从而保证企业的审计部门工作人员都能够胜任这份工作。