导演将历史通过影视的方式表达了出来，传达了一个体制的倾覆并非是由外力所导致，更多由自身不能发现自身弊端，在日积月累后病入膏肓，无法救治的思想。

1642年，明代官吏腐败无能，农民造反，瘟疫横行。明代政府内外交困，为抵御李自成率领的农兵们，毅宗皇帝不得不将召见牢狱中的孙传庭，任命为督师，去解开封之围。

孙传庭能担任督师并非浪得虚名，为人雷厉风行，能谋善断，直言不讳，不拘一格，行军方面经验丰富，游刃有余。

上任后，领兵到潼关，立马奉旨除掉不听调遣的援剿总兵贺人龙，将贺家军收编为大明军队。之后检阅军队，检查军饷，军粮和军备。

一番检阅，孙传庭发现潼关并非宝地，而是泥潭，士兵良莠不齐，军饷空缺，军粮不足，军备破败。用这样的军队去打仗，必败无疑。

着书上报朝廷，调拨军饷，等来的却是兵部的催战书。拿不到朝廷的军饷，就向乡绅发起募捐，孙传庭晓之以理，动之以情，却只有乡绅推诿，敷衍捐个百两十两。

一波未平，一波又起，军中突发瘟疫，起初，城中的赵提领赵川认为是普通的伤寒，就只遵循医家传统去治疗，还训斥自己的徒弟吴又可不按祖宗的疗法来治病，并告知吴又可不用来军营。

吴又可本来是朝廷中的医师，但由于看不惯其他医师弄权而弃官做游医，为人不畏权贵，不卑不亢，被人告上公堂也敢据理力争。同时胆大心细，懂得变通，能察觉到瘟疫并非普通的伤寒，而用险药来治病。

赵提领赵川只认死理，不懂变通，对老祖宗传下来的学术奉为圭臬，不对吴又可对军中疫情的分析稍加思索，军中瘟疫非但不能控制，还让自己死于瘟疫。

军中瘟疫的爆发，让军中的医官全都逃命了。唯独只有吴又可，发现了军中突发的疾病怎么人传人，冒着被感染的危险来告诫军营中的指挥使要务必小心，做好士兵之间的隔离工作。招来的却是指挥使的谩骂。

军中的疫情日益严重，指挥使终于瞒不住，被督师发现，指挥使便将责任全都推给军医，又向孙传庭推荐游医吴又可。

指挥使的推荐下，两个命运相似的两个人开始有了交点。吴又可进入军营治病，自制口罩以防传染，对染病的士兵进行隔离，大用虎狼之药对士兵进行治疗。虽然做不到面面俱到，但也控制住了疫情。

吴又可的勇敢和胆大，跟敢于突破常规让孙传庭肃然起敬。

军中的瘟疫是被控制住了，但对于打赢这场战，远远还不够，乡绅的蛮横，朝廷的猜忌，及部下的徇私，更是了孙传庭最大的阻碍。

最后孙传庭在兵部的催战下出关击敌，战死于潼关。