印度和巴基斯坦的历史渊源追溯到莫卧儿帝国即可看出端倪，内部印度教徒和穆斯林冲突不断。等到了18世纪，奥郎则布留下的帝国已四分五裂，援引马克思的话就是，莫卧儿帝国权力分裂于其总督们，总督被马拉塔人打倒，马拉塔人又被阿富汗人打倒，在大家混战时，不列颠人来了，将其全部征服。印度次大陆得到再次统一，但内部矛盾并未从根本解决，这为后来的再次分裂创造了条件，所谓天下大势，分分合合。

在蒙古帝国在欧亚大陆全面退朝的时候，其后裔帖木儿的子孙巴布尔在次大陆建立莫卧儿帝国，其疆域鼎盛时几乎囊括除了印度南部极少部分的整个南亚次大陆及阿富汗等地。但毕竟是异族统治，统治阶级信仰伊斯兰教，而印度本土主要信仰为印度教，帝国内印度教徒和穆斯林就持续发生冲突，皇帝阿克巴通过宣布宗教平等，并引自印度教徒到朝廷做官等来缓解彼此矛盾，矛盾得以暂时掩盖。

到了莫卧儿王朝末期，帝国的统治者们再也无法控制局面，直到英国人的到来。英国于七年战争（1756～1763年）赶走法国人后，开始独自吞食印度，首先在孟加拉立足，在东北的尼泊尔战胜廓尔喀人，在西北击败旁遮普的锡克人。19世纪中叶，英国人已成为整个印度次大陆的主人，并且高效的进行统治。在印度的英国文职人员1900年仅为4000人，军队则为69000人，统治3亿左右人口。

如此少的英国人统治如此幅员辽阔和众多的人口，表面一派祥和下却暗流涌动。国内印度教徒要求自治，希望从基督徒（英国官员）中解放出来；同样道理，作为印度少数派的穆斯林也不希望生活在由印度教徒统治的国度。

对于这一点，英国人门清，当年通过各个击破，英国人才能统治如此大的国度。基于印度国内愈演愈烈的这种诉求，英国人在一战结束后就承诺只要印度国大党和穆斯林联盟能妥善处理好如何一起管理印度就允许独立出去。

国大党的领袖此时是圣雄甘地，他领导非暴力不合作运动极为成功，独立出来指日可待，但他不允许印度分裂。而成为穆斯林联盟的领袖真纳认为，既然印度教徒和穆斯林是不同族群，自然应该生活在不同国家，因而主张分家过日子。甘地试图说服加纳，相信印度教徒和穆斯林可以和平相处，但未果。

在经过无休止的争吵和冲突仍未达成共识的情况下，英国议会于1947年7月通过《印度独立法案》，8月15日信仰印度教的印度宣布独立。而信仰伊斯兰教的穆斯林联盟建立的巴基斯坦共和国随后宣布独立，共分为两个部分即东巴基斯坦和西巴基斯坦，中间被印度分开。

这一分家导致印度国内持续骚乱。可想而知，本来是一个国家，众多印度教徒住在巴基斯坦，同样很多穆斯林住在印度；分家后，双方都觉得在异国不安全，要回自己的大本营，在大规模的迁徙中发生多起暴乱事件，共有1500万印度人离开居住多年的家园。甘地一直希望信仰不同的人能和平相处，对比暴力深感忧虑和悲伤，因此决定绝食，至此被甘地感动的印度教徒和穆斯林逐渐停止血腥对抗。但狂热团体认为整个印度均应由印度教徒来统治，对甘地同意分家的行为不满，团体一成员高德希在甘地参加祈祷会时枪杀了圣雄甘地，这对印度来说是个巨大损失，据说，甘地临死前最后一个手势告诉大家不要伤害那个枪杀它的人。

让双方揪心的另一件事即领土没有分割的很清楚，比如北部的克什米尔，彼此都认为拥有其所有权，日后诸多矛盾的策源地均发生于此。