综合应用能力和公共基础知识区别主要在于二者的考察内容不同：

《公共基础知识》考察内容包括事业单位管理与改革及相关热点、时政热点、法律常识、马克思主义哲学、政治经济学、毛泽东思想、中国特色理论体系、行政管理、公文写作、自然常识、科技常识等内容。

《综合应用能力》的考试题型多为主观性试题，有些类似于公务员考试中的申论科目，但实际上要比申论考试的题型更为复杂，题型上主要有辨析题、论述题、案例分析题、公文改错题和材料作文题几种，当然由于每年的题型都会有所变化，有些地方还会有策划题和应用类的题目。其主要测查报考者的阅读理解能力、综合分析能力、提出和解决问题能力、文字表达能力以及对基本公文写作知识的熟悉程度。